Finding Our Way through Phenotypes.

Deans, A.R., Balhoff, J.P., Macklin, J.A., Sharkey, M.J., et les autres (2015). « Finding Our Way through Phenotypes. », PLoS Biology, 13(1), p. 1-9. doi : 10.1371/journal.pbio.1002033  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Malgré les efforts ambitieux et concertés déployés pour comprendre la vaste étendue de données phénotypiques, la forme dans laquelle elles se trouvent en empêche l’analyse productive. L’absence d’un langage commun et consensuel, qui serait compréhensible pour l’humain et la machine, pour décrire les phénotypes et leur contexte génomique et environnemental est sans doute le plus grand obstacle à l’intégration de la phénomique aux nombreux champs de la biologie, dont la génomique, la biologie des systèmes, le développement, la médecine, l’évolution, l’écologie et la systématique. Nous examinons ici le paysage phénomique, notamment les ressources et la manipulation des données, ainsi que les progrès qui ont permis de saisir avec précision des données décrivant de manière pertinente des phénotypes. Nous présentons un exemple d’intégration à plusieurs domaines que permettrait des données phénotypiques calculables et nous faisons appel à la vaste communauté biologique, aux éditeurs et aux agences de financement pertinentes pour qu’ils appuient les efforts visant à surmonter les obstacles associés aux données phénotypiques et à faciliter la reproductibilité des analyses.

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