The Hemiptera (Insecta) of Canada: Constructing a reference library of DNA barcodes.

Gwiazdowski, R.A., Foottit, R.G., Maw, H.E.L., et Hebert, P.D.N. (2015). « The Hemiptera (Insecta) of Canada: Constructing a reference library of DNA barcodes. », PLoS ONE, 10(4: Article number e0125635). doi : 10.1371/journal.pone.0125635  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Les banques de codes à barres ADN associés à des spécimens de référence créent de nouvelles possibilités pour l’identification à haut débit et les réévaluations taxinomiques. Cette étude fournit une banque de codes à barres ADN pour environ 45 % des espèces d’Hémiptères répertoriées au Canada et précise le flux de travail R disponible publiquement utilisé pour sa création. Cette banque de codes à barres est fondée sur l’analyse de 20 851 spécimens répartis en 1 849 espèces, 628 genres et 64 familles. Ces spécimens ont été assignés à 1 867 « Barcode Index Numbers » (BIN), regroupements de séquences qui coïncident souvent avec des espèces déjà reconnues antérieurement selon le cheminement taxonomique classique. Les collections de musée se sont révélé une source précieuse de spécimens déjà identifiés, mais nous avons également eu recours à des méthodes de collecte à haut débit pour obtenir un grand nombre de spécimens non identifiés. Bon nombre de ces spécimens représentaient de nouveaux BIN qui ont subséquemment été identifiés par des taxonomistes, ce qui a permis d’établir les codes barres d’espèces additionnelles. Nos analyses, fondées sur ces deux approches, englobent 94 espèces qui ne figuraient pas dans les listes les plus récentes des espèces tenues pour présentes au Canada, ce qui représente un ajout potentiel de 3 % à la faune du pays. Nous examinons l’élaboration de notre flux de travail dans le contexte de projets antérieurs de construction de banques de codes à barres ADN, et nous insistons sur l’importance d’établir un ensemble de spécimens de référence pour faciliter l’examen des éventuels cas de non-concordance d’identification entre les méthodes taxinomiques classiques et les codes à barres ADN. Des commentaires relatifs à l’identification de chaque spécimen de référence peuvent être consignés dans le Barcode of Life Data System (BOLD), ce qui permet aux spécialistes de reconnaître les identifications suspectes. Tous les utilisateurs autorisés de BOLD peuvent ajouter des annotations, et des instructions sont fournies à cet effet.

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