Application of the phylogenetic species concept to wallemia sebi from house dust and indoor air revealed by multi-locus genealogical concordance.

Nguyen, H.D.T., Jančič, S., Meijer, M., Tanney, J.B., Zalar, P., Gunde-Cimerman, N., et Seifert, K.A. (2015). « Application of the phylogenetic species concept to wallemia sebi from house dust and indoor air revealed by multi-locus genealogical concordance. », PLoS ONE, 10(3: Article number e0120894). doi : 10.1371/journal.pone.0120894  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Une enquête mondiale a été menée sur la présence de Wallemia dans la poussière domestique et dans l’air intérieur. Les souches isolées ont été identifiées comme étant W. sebi et W. muriae. Les études précédentes semblaient indiquer que le clade phylogénétique du W. sebi contenait des espèces cryptiques, mais les données n’ont pas permis de tirer de conclusions, parce que seul le marqueur de l’espaceur interne transcrit (ITS, pour internal transcribed spacer) avait été analysé. L’ITS et quatre gènes codant des protéines (MCM7, RPB1, RPB2, TSR1) ont été séquencés chez 85 isolats. D’après l’analyse initiale des gènes concaténés par la méthode NJ (neighbor joining), le W. muriae est demeuré monophylétique, mais chez le W. sebi, quatre clades ont été découverts et désignés clades 1, 2, 3, et 4 du W. sebi. Nous avons avancé l’hypothèse selon laquelle les clades représentent des espèces phylogénétiques distinctes du complexe Wallemia sebi. Nous avons ensuite procédé à de nombreuses analyses phylogénétiques et démontré la concordance généalogique, qui corrobore l’existence de quatre espèces phylogénétiques dans ce complexe. Sur le plan géographique, le W. muriae n’a été trouvé qu’en Europe, le clade 3 du W. sebi, au Canada seulement, le clade 4, dans les régions subtropicales, et les clades 1 et 2 ont été retrouvés partout dans le monde. L’analyse des haplotypes a montré que les clades 1 et 2 du W. sebi avaient de nombreux haplotypes, alors que les clades 3 et 4 n’avaient qu’un haplotype (ces deux clades auraient peut-être été sous-échantillonnés). Nous décrivons, dans une étude connexe, les clades 2, 3 et 4 du W. sebi comme une nouvelle espèce.

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