Development of a DNA macroarray for the detection and identification of fungal pathogens causing decline of young grapevines.

Urbez-Torres, J.R., Haag, P., Bowen, P.A., Lowery, T., Lowery, D.T., et O'Gorman, D.T. (2015). « Development of a DNA macroarray for the detection and identification of fungal pathogens causing decline of young grapevines. », Phytopathology, 105(10), p. 1373-1388. doi : 10.1094/PHYTO-03-15-0069-R  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Le dépérissement de la jeune vigne (Young vine decline, ou YVD) est une maladie complexe causée par au moins 48 champignons différents qui entraîne des pertes économiques importantes pour l’industrie viticole dans le monde entier. On sait que les champignons en cause sont présents dans le matériel végétal. Il est donc essentiel de pouvoir les détecter avant la plantation pour assurer la longévité des vignobles. Une macropuce d’ADN basée sur l’hybridation par dot-blot inverse contenant 102 oligonucléotides complémentaires à des portions de la région β- tubuline a été mise au point pour la détection des champignons responsables du dépérissement de la jeune vigne. La spécificité de la macropuce a d’abord été évaluée par rapport à 138 cultures pures de champignons représentant 72 taxons appartenant à huit genres, dont 37 espèces de champignons causant le dépérissement de la jeune vigne. Au total, 61 espèces comprenant 34 pathogènes responsables de la maladie ont été détectées et identifiées par la macropuce. La limite de détection de la macropuce était inférieure à 0,1 pg d’ADN génomique. La validation de la macropuce au moyen de bois et de sol artificiellement infectés ainsi que de matériel végétal commercial a montré une forte présence de champignons responsables du dépérissement de la jeune vigne dans les plants de pépinière, présence qui n’avait pas été détectée au moyen des méthodes classiques de mise en culture sur boîte de Petri. La macropuce d’ADN s’est avérée être un outil rapide et spécifique permettant de détecter et d’identifier simultanément la plupart des champignons responsables du dépérissement de la jeune vigne au moyen d’un seul essai. Cet outil pourrait être utilisé pour l’établissement de diagnostics à l’échelle commerciale et/ou pour la détermination de l’état de santé des plants de pépinière dans l’industrie viticole.

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