A new method for studying population genetics of cyst nematodes based on Pool-Seq and genomewide allele frequency analysis.

Mimee, B., Duceppe, M.-O., Véronneau, P.-Y., Lafond-Lapalme, J., Jean, M., Belzile, F.J., et Bélair, G. (2015). « A new method for studying population genetics of cyst nematodes based on Pool-Seq and genomewide allele frequency analysis. », Molecular Ecology Resources, 15(6), p. 1356-1365. doi : 10.1111/1755-0998.12412  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Les nématodes à kystes sont d’importants ravageurs agricoles qui infligent chaque année des pertes estimées à plusieurs milliards de dollars. L’utilisation de plantes résistantes est la stratégie de lutte la plus efficace contre ces ravageurs, mais elle nécessite une étroite surveillance de la génétique des populations. Les techniques courantes de pathotypage et de génotypage des nématodes à kystes sont fastidieuses, dispendieuses et imprécises. Dans cette étude, nous avons tiré profit du mode de reproduction des nématodes à kystes pour mettre au point un pipeline d’analyse simple de la génétique des populations par génotypage par séquençage et par séquençage du génome complet de pools d’individus (Pool-Seq). Cette méthode a révélé la présence de milliers de SNP et nous a permis d’étudier les relations entre des populations de différentes origines ou pathotypes. Une validation de la méthode par application à des populations bien caractérisées a également confirmé sa valeur comme outil puissant et précis pour l’étude de la génétique des populations. Les fréquences alléliques à l’échelle du génome de 23 populations de nématodes dorés provenant de neuf pays et représentant les cinq pathotypes connus ont été comparées. Cette méthode a permis de départager clairement les différents pathotypes et a fait ressortir les relations génétiques fines entre et parmi ces populations. En plus d’être un outil puissant, cette méthode s’est révélée très rapide et économique et pourrait être appliquée à d’autres espèces de nématodes à kystes.

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