Genotype specific variation in the structure of root fungal communities is related to chickpea plant productivity.

Bazghaleh, N., Hamel, C., Gan, Y.T., Tar’an, B., et Knight, J.D. (2015). « Genotype specific variation in the structure of root fungal communities is related to chickpea plant productivity. », Applied and Environmental Microbiology, 81(7), p. 2368-2377. doi : 10.1128/AEM.03692-14  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

De plus en plus de données montrent l’existence de variations dans l’association des racines de plantes avec des champignons symbiotiques qui peuvent améliorer la croissance de la plante et inhiber les agents pathogènes. On ignore toutefois si des variations intraspécifiques de la symbiose existent parmi les cultivars de certaines plantes et si ces variations peuvent servir à améliorer la productivité des cultures. Dans le cadre de notre étude, nous avons déterminé les variations propres au génotype touchant l’association des racines de pois chiche avec des communautés de champignons du sol et nous avons évalué les effets de ces communautés sur la productivité des cultures. Nous avons mené une expérience sur deux ans dans le sud-ouest de la Saskatchewan, zone centrale de production de pois chiche dans les Praires canadiennes. À l’aide du pyroséquençage 454 des amplicons, nous avons évalué les effets de 13 cultivars de pois chiche, présentant une large gamme de phénotypes et de génotypes, sur la structure des communautés de champignons s’associant aux racines, en nous fondant sur l’espaceur transcrit interne et le gène marqueur codant l’ARNr 18S. Le cultivar de pois chiche a eu une incidence notable sur la structure de la communauté de champignons s’associant aux racines. L’ampleur de l’effet variait selon les génotypes évalués, les effets étant constants au fil des ans. Ainsi, les racines des cultivars CDC Corrine, CDC Cory et CDC Anna hébergeaient la plus grande diversité de champignons, tandis que celles des cultivars CDC Alma et CDC Xena hébergeaient la plus faible diversité de ces organismes. Une espèce de Fusarium prédominait dans les racines de pois chiche, mais était moins abondante chez CDC Corrine que chez les autres cultivars. Une épreuve biologique a montré que certains de ces champignons, dont des espèces de Fusarium, peuvent réduire la productivité du pois chiche, alors que le Trichoderma harzianum peut augmenter cette productivité. L’importante variation du profil des communautés de champignons des racines du pois chiche, qui comprennent des espèces favorisant la croissance et des espèces inhibant la croissance, semble confirmer la possibilité d’augmenter la productivité du pois chiche en améliorant les communautés de champignons des racines dans le cadre de programmes d’amélioration génétique du pois chiche reposant sur des techniques classiques.

Date de modification :