Explosive radiation or uninformative genes? Origin and early diversification of tachinid flies (Diptera: Tachinidae).

Winkler, I.S., Blaschke, J.D., Davis, D.J., Stireman III, J.O., O'Hara, J.E., Cerretti, P., et Moulton, J.K. (2015). « Explosive radiation or uninformative genes? Origin and early diversification of tachinid flies (Diptera: Tachinidae). », Molecular Phylogenetics and Evolution, 88, p. 38-54. doi : 10.1016/j.ympev.2015.03.021  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Les études phylogénétiques moléculaires réalisées à tous les niveaux taxinomiques permettent souvent d’inférer des périodes de radiation rapide sur la base de courts entrenœuds mal résolus. Bien que de tels épisodes rapides de diversification constituent un phénomène évolutif à la fois important et répandu, le faible niveau de résolution qui leur est associé peut être attribué dans une large mesure à l’utilisation généralisée de marqueurs « classiques » (gènes mitochondriaux ou ribosomiques et certains gènes codant pour des protéines nucléaires) qui conviennent souvent peu à la résolution de problèmes phylogénétiques de niveau supérieur complexes. Aux fins du présent article, nous avons reconstruit les relations phylogénétiques entre un ensemble représentatif de taxons de la famille des Tachinidae, famille de mouches parasitoïdes, et de groupes externes apparentés de la superfamille des Oestroidea. Les Tachinidae forment l’une des familles de Diptères les plus riches en espèces mais aussi un groupe récent sur le plan évolutif. Cette famille représente une étude de cas idéale pour comparer la capacité de divers loci d’élucider des relations phylogénétiques et évaluer les avantages d’ajouter d’autres loci aux analyses phylogénétiques. Nous avons évalué l’utilité phylogénétique de neuf gènes, dont des gènes classiques (p. ex. ADNmt CO1, ADNr 28S) et des gènes codant des protéines nucléaires utilisés depuis peu pour des analyses phylogénétiques. Notre analyse phylogénétique, qui portait sur un ensemble restreint de taxons, a mis en évidence les éléments suivants : relation étroite entre les Tachinidae et la sous-famille des Polleninae (famille des Calliphoridae); monophylie des Tachinidae et des sous-familles Exoristinae et Dexiinae; groupements des sous-familles Dexiinae + Phasiinae et Tachininae + Exoristinae; placement phylogénétique robuste des genres passablement énigmatiques Strongygaster, Euthera et Ceracia. En comparaison de la faible résolution et de l’incongruence phylogénétique des « gènes classiques », nous constatons que l’utilisation d’un ensemble plus sélectif de gènes présentant une valeur informative élevée permet d’identifier de façon plus précise la les régions de la phylogénie où une radiation rapide de lignées s’est produite tout en fournissant un aperçu plus juste de leur contexte phylogénétique. Même si nous reconnaissons qu’il faudrait étendre considérablement le nombre de taxons pour évaluer efficacement la monophylie des principales lignées de Tachinidae et des groupes apparentés et étudier leurs interrelations, nous montrons que l’utilisation d’un petit nombre de gènes codant des protéines nucléaires peut faciliter la résolution de problèmes phylogénétiques complexes.

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