One stop shop: backbones trees for important phytopathogenic genera: I.

Hyde, K.D., Nilsson, R.H., Alias, S.A., Ariyawansa, H.A., Blair, J.E., Cai, L., de Cock, A.W.A.M., Dissanayake, A.J., Lévesque, C.A., Rintoul, T.L., Spies, C.F.J., et les autres (2014). « One stop shop: backbones trees for important phytopathogenic genera: I. », Fungal Diversity, 67(1), p. 21-125. doi : 10.1007/s13225-014-0298-1  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Plusieurs champignons sont des agents phytopathogènes et causent des dommages considérables aux plantes importantes pour les domaines de l’agriculture et de la foresterie. Toutefois, ils font également partie d’écosystèmes naturels et peuvent jouer un rôle dans la régulation de la densité des végétaux. Il est souvent difficile d’identifier et d’analyser les champignons phytopathogènes à partir de leurs caractères morphologiques, en raison du faible nombre de caractères permettant de les distinguer sur le plan taxonomique et de leur caractère endophyte ou discret. Les données moléculaires (séquences ADN) sur les champignons phytopathogènes sont devenues essentielles aux études diagnostiques et aux études de classification, mais les pratiques de laboratoire et les méthodes d’analyse manquent d’uniformité. Dans le présent article, nous présentons une analyse phylogénétique sommaire pour 25 groupes de champignons phytopathogènes appartenant aux Ascomycètes, aux Basidiomycètes, aux Mucormycotina et aux Oomycètes, y compris les données moléculaires récentes, les noms actuels et les dernières connaissances taxonomiques, en vue de faciliter les recherches actuelles et futures. Nous fournissons également des protocoles de laboratoire spécifiques aux lignées, accompagnés de conseils quant à leur utilisation. Nous espérons pouvoir tenir à jour au fil du temps des arbres de base de ces lignées de champignon et les publier à mesure que de nouvelles données deviennent disponibles. Les chercheurs étudiant des groupes de champignons phytopathogènes qui ne sont pas inclus dans la présente étude sont invités à participer à ces efforts. Nous traitons des groupes suivants dans le présent article : Bipolaris, Botryosphaeriaceae, Botryosphaeria, Botrytis, Choanephora, Colletotrichum, Curvularia, Diaporthe, Diplodia, Dothiorella, Fusarium, Gilbertella, Lasiodiplodia, Mucor, Neofusicoccum, Pestalotiopsis, Phyllosticta, Phytophthora, Puccinia, Pyrenophora, Pythium, Rhizopus, Stagonosporopsis, Ustilago et Verticillium.

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