Cassava genome from a wild ancestor to cultivated varieties.

Wang, W., Feng, B., Xiao, J., Xia, Z., Zhou, X., Li, P., Zhang, W., Wang, Y., Møller, B., Luo, M.-C., Yang, J., Chen, S., Rabinowicz, P.D., Chen, X., Zhang, H.B., You, F.M., et les autres (2014). « Cassava genome from a wild ancestor to cultivated varieties. », Nature Communications. doi : 10.1038/ncomms6110  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Le manioc est une plante alimentaire tropicale de première importance de la famille des Euphorbiacées qui présente un potentiel élevé pour la production de glucides et peut s’adapter à des environnements très divers. Nous présentons ici les séquences génomiques préliminaires d’un ancêtre sauvage de cette plante ainsi que d’une variété cultivée de manioc, et nous proposons des analyses comparatives fondées sur une lignée partiellement obtenue par autofécondation. Nous avons pu relever 1584 modèles géniques propres à l’ancêtre sauvage et 1678 modèles géniques propres aux variétés cultivées, un taux élevé d’hétérozygotie ainsi que des millions de variations mononucléotidiques. Nos analyses révèlent que les gènes intervenant dans la photosynthèse, le stockage de l’amidon et les stress abiotiques ont été positivement sélectionnés chez les variétés cultivées dans le cadre de la sélection naturelle et de la domestication, alors que les gènes intervenant dans la synthèse de la paroi cellulaire et dans le métabolisme secondaire, y compris la production de glycosides cyanogènes, ont été négativement sélectionnés. Des différences dans la régulation des gènes et des rétrotransposons par les microARN pourraient expliquer le flux de carbone accru lié au stockage de l’amidon ainsi que l’accumulation moindre de glycosides cyanogènes chez le manioc cultivé. Nos résultats pourraient contribuer à l’amélioration génétique du manioc, en apportant un meilleur éclairage sur la biologie de cette plante.

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