Analysis of the genetic diversity and relationships of selected Canadian isolates of Plum pox virus.

James, D., Sanderson, D.J., Varga, A., Greig, N., et Stobbs, L.W. (2015). « Analysis of the genetic diversity and relationships of selected Canadian isolates of Plum pox virus. », Acta Horticulturae (ISHS), 1063, p. 33-40.

Résumé

En 2000, le virus de la sharka était détecté pour la première fois au Canada, dans des vergers commerciaux. On a caractérisé des isolats du virus et déterminé qu’ils appartenaient à la souche D du virus de la sharka. Par la suite, on a identifié des isolats des souches W et Rec, présents dans des Prunus spp. plantés dans des résidences privées et, dans chaque cas, sur une seule propriété. Des isolats de la souche D ont aussi été détectés dans des fruits d’arbres réceptifs et dans des espèces ornementales de Prunus poussant dans des propriétés résidentielles. Jusqu’à présent, seules des infections par des isolats de la souche D ont été trouvées dans des espèces ornementales en Ontario et en Nouvelle‑Écosse (Canada). Au départ, on avait déterminé que deux sous‑groupes (I et II) de la souche D du virus de la sharka constituaient l’ensemble de l’isolat de la souche D au Canada (Theilmann et al., 2006). La plupart des isolats semblent appartenir au présumé sous‑groupe II, mais il existe des preuves d’une plus grande diversité, notamment dans ce sous—groupe, que l’on pourrait devoir subdiviser afin de mieux définir la structure de la population. Les isolats du sous‑groupe I semblent constituer un groupe mineur n’incluant aucun nouvel isolat. Il existe aussi au moins un isolat de la souche D canadienne, trouvé dans un verger commercial qui n’appartient à aucun de ces sous‑groupes. Un isolat de la souche D (virus de la sharka D‑BP) qui se regroupe avec des isolats du sous‑groupe II a été trouvé en présence de symptômes graves de bosses sur un fruit d’un pêcher « Harrow Fair ». La recherche d’autres virus et viroïdes connus pour infecter les pêches n’a donné que des résultats négatifs. Nous avons séquencé complètement le génome de la souche D‑BP du virus de la sharka et trouvé qu’il était de 98 % à 99 % identique à celui des autres isolats de la souche D. Il est intéressant de noter que la souche D BP du virus de la sharka présente, dans les régions P1, Nib et CP du génome, plusieurs modifications uniques des acides aminés qui pourraient, ou pas, être liées au symptôme inhabituel des bosses.

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