Finding needles in haystacks: linking scientific names, reference specimens and molecular data for Fungi.

Seifert, K.A., Hambleton, S., et les autres (2014). « Finding needles in haystacks: linking scientific names, reference specimens and molecular data for Fungi. », Database: The Journal of Biological Databases and Curation, 2014(bau061), p. 1-21. doi : 10.1093/database/bau061  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Les comparaisons phylogénétiques fondées sur l’ADN ont révélé que la diversité des champignons est souvent sous-estimée lorsque la reconnaissance d’espèces repose uniquement sur les caractères morphologiques. Il est donc plus que jamais essentiel de disposer de données de séquences d’ADN exactes, associées aux noms taxonomiques corrects et à des données clairement annotées sur les spécimens. En outre, on observe un nombre croissant de projets sur l’écologie moléculaire et les microbiomes faisant appel au séquençage à haut débit, qui nécessitent des méthodes rapides et efficaces permettant de déterminer les espèces en masse. Nous avons sélectionné et réannoté un ensemble de séquences de marqueurs de référence qui sont associées aux divers ordres acceptés de champignons. Plus particulièrement, nous avons étudié les séquences de la région de l’espaceur transcrit interne du cistron ribosomique nucléaire, à partir de cultures de spécimens types et d’anciens spécimens types. Nous avons versé les séquences réannotées et vérifiées dans une base de données publique administrée par le National Center for Biotechnology Information (NCBI), plus précisément la base de données RefSeq Targeted Loci (RTL); ces séquences seront visibles avec les recherches régulières de similarité entre séquences, pour les spécimens associés au préfixe NR. En outre, nous présentons un ensemble de normes et de protocoles permettant d’améliorer la qualité des données pour les nouvelles séquences et proposons des façons d’utiliser les séquences types et les autres séquences de référence pour améliorer l’identification des champignons.

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