Computational identification of conserved microRNAs and their targets from expression sequence tags of blueberry (Vaccinium corybosum).

Li, X.L., Hou, Y.-L., Zhang, W., Quan, C., Cui, Y., et Bian, S. (2014). « Computational identification of conserved microRNAs and their targets from expression sequence tags of blueberry (Vaccinium corybosum). », Plant Signaling & Behavior, 9(9: Article number e29462), p. 1-10. doi : 10.4161/psb.29462  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Les microARN (miARN) sont des ARN endogènes non codants d’environ 21 nucléotides de long. Ils régulent l’expression de gènes cibles, principalement de façon post-transcriptionnelle. Les miARN jouent un rôle essentiel dans presque tous les processus cellulaires et métaboliques des végétaux. Plusieurs miARN ont été identifiés dans le règne végétal, mais on ignore tout des miARN du bleuetier, plante d’importance économique. Dans le cadre de la présente étude, nous avons identifié par voie informatique les miARN du bleuet et leurs cibles. Nous avons analysé 22, 402 marqueurs de séquences exprimées (EST) de bleuetier, au moyen d’une approche de génomique comparative et d’une série de critères de filtrage, et avons découvert 9 vco-miARN potentiels, que nous avons désignés vco-miR156-5p, vco-miR156-3p, vco-miR1436, vco-miR1522, vco-miR4495, vco-miR5120, vco-miR5658, vco-miR5783 et vco-miR5986. Nous avons analysé la complémentarité entre les séquences des miARN et celles de leurs transcrits cibles et avons identifié 34 EST cibles associés au bleuetier ainsi que 70 cibles associées à d’autres espèces pour les vco-miARN. Ces cibles étaient associées à la transcription, à l’épissage et à la liaison de l’ARN, à la duplication de l’ADN, à la transduction des signaux, au transport et au déplacement, aux réactions au stress ainsi qu’aux processus de synthèse et aux processus métaboliques. Ces résultats seront très utiles dans le cadre des futures recherches sur les fonctions des miARN et les mécanismes de régulation qui leurs sont associés chez le bleuetier.

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