Detection and identification of selected cereal rust pathogens by TaqMan® real-time PCR.

Liu, M., McCabe, E., Chapados, J.T., Carey, J., Wilson, S.K., Tropiano, R., Redhead, S.A., Lévesque, C.A., et Hambleton, S. (2015). « Detection and identification of selected cereal rust pathogens by TaqMan® real-time PCR. », Canadian Journal of Plant Pathology, 37(1), p. 92-105. doi : 10.1080/07060661.2014.999123  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Les rouilles Puccinia graminis et P. Striiformis sensu stricto sont d’importants agents pathogènes des céréales, connus particulièrement pour causer la rouille de la tige et la rouille jaune chez le blé ainsi que pour engendrer de lourdes pertes de rendement. La détection précoce et précise des agents pathogènes aiderait à lutter efficacement contre ces maladies. Au cours de cette étude, nous avons développé des analyses par PCR en temps réel pour détecter les lignées précises qui incluent les agents pathogènes du blé pour chaque complexe d’espèces, tel qu’ils ont été identifiés par analyses multigéniques de séquences d’ADN. Afin d’obtenir un ensemble complet de champignons cibles étroitement apparentés, collectés sur divers hôtes et provenant de régions géographiques différentes, quatre locus d’ADN ont été examinés afin de chercher des amorces appropriées, spécifiques des lignées: la β-tubuline (BT), la sous-unité 1 de la cytochrome c oxidase (COI), l’espaceur transcrit interne (ITS) de l’ADNr et la deuxième plus grosse sous-unité de l’ARN polymérase II (RPB2). Quatre analyses par PCR en temps réel avec sondes TaqManmd ont été conçues en fonction des gènes BT ou RPB2: une ciblant Puccinia Series Striiformis (PSBT), une ciblant P. striiformis sensu stricto (PSstrRPB2) et deux ciblant les lignées de P. graminis chez le blé (Pg2+BT et Pg2RPB2). Les sensibilités des analyses ont été de 0,65 pg µL-1 (Pg2) et 5 pg µL-1 (PS). La spécificité de chaque analyse a été confirmée grâce à l’utilisation d’une grande variété de rouilles et d’autres champignons sélectionnés, associés au blé. Les locus ITS et COI se sont avérés inappropriés à la mise au point de tests diagnostiques, mais ont fourni un signal phylogénétique pour les analyses multigéniques.

Date de modification :