Phylogenetic relationships and morphological evolution in Lentinus, Polyporellus and Neofavolus, emphasizing Southeast Asian taxa.

Seelan, J.S.S., Justo, A., Nagy, L.G., Grand, E.A., Redhead, S.A., et Hibbett, D.S. (2015). « Phylogenetic relationships and morphological evolution in Lentinus, Polyporellus and Neofavolus, emphasizing Southeast Asian taxa. », Mycologia, 107(3), p. 460-474. doi : 10.3852/14-084  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Le genre Lentinus (Polyporaceae, Basidiomycota) a été largement observé dans les forêts tropicales et tempérées, et sa taxonomie fait l’objet de controverse. Nous avons étudié les relations entre le Lentinus sous-genre Lentinus sensu Pegler (sections Lentinus, Tigrini, Dicholamellatae, Rigidi, Lentodiellum et Pleuroti ainsi que les Polypores présentant des caractères morphologiques semblables). Nous avons séquencé les espaceurs internes transcrits (ITS), certaines régions partielles de l’ADNr nucléaire 28S et les gènes codant la plus grande sous-unité de l’ARN polymérase II (RPB1), en nous attardant particulièrement sur le Lentinus sous-genre Lentinus sensu Pegler et le groupe des Neofavolus, puis avons combiné ces données avec les séquences provenant de GenBank (y compris les séquences du gène RPB2) et avons réalisé une analyse phylogénétique par méthode du maximum de vraisemblance et par méthode bayésienne. En outre, nous avons évalué la transition de la morphologie de l’hyménophore chez les genres Lentinus et Neofavolus et les Polypores associés par rapport à une reconstruction de leur état ancestral. La phylogénie fondée sur un seul gène et la phylogénie combinant les ITS et la région 28S avec les gènes RPB1 et RPB2 appuient toutes l’existence d’un clade Lentinus/Polyporellus et d’un clade Neofavolus distincts. Le genre Polyporellus (représenté par le P. arcularius, le P. ciliatus et le P. brumalis) formait un clade avec les espèces représentant les Lentinus sous-genre Lentinus sensu Pegler (1983), excepté le L. suavissimus. Le Lentinus tigrinus constitue le groupe sœur de Polyporellus dans la phylogénie fondée sur quatre gènes, mais la validité de cette classification était faiblement étayée. Les trois analyses multigéniques et l’analyse fondée sur un seul gène comprenant les ITS indiquaient fortement que le Polyporus tricholoma formait le groupe sœur du clade Lentinus/Polyporellus; la phylogénie fondée sur l’ARNr 28S est la seule qui n’appuyait pas cette classification. D’après la méthode de parcimonie, la configuration ancestrale des hyménophores pour le clade Lentinus/Polyporellus correspondait à des pores circulaires, et des transitions indépendantes s’effectuaient vers des pores anguleux et des lamelles. Pour le clade Neofavolus, les pores auraient été anguleux à l’état ancestral, et il y aurait eu un seul cas de transition vers des lamelles, soit le L. suavissimus. Nous proposons que le Lentinus suavissimus (section Pleuroti) soit reclassé à titre de Neofavolus suavissimus comb. nov.

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