Rapid and accurate detection of bacteriophage activity against Escherichia coli O157:H7 by propidium monoazide real-time PCR.

Liu, H., Niu, Y.D., Li, J.-Q., Stanford, K.I.M., et McAllister, T.A. (2014). « Rapid and accurate detection of bacteriophage activity against Escherichia coli O157:H7 by propidium monoazide real-time PCR. », BioMed Research International, 2014(Article ID 319351), p. 1-9. doi : 10.1155/2014/319351  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Les méthodes classiques utilisées pour déterminer l’efficacité des bactériophages (phages) dans la lutte biologique contre E. coli requièrent plusieurs jours, en raison de la nécessité de cultiver les bactéries. De plus, les particules phagiques fixées à la surface des cellules peuvent lyser les bactéries durant les expériences, entraînant une surestimation de l’activité phagique. La PCR quantitative en temps réel (qPCR) est une méthode rapide, sensible et hautement spécifique pour déterminer le nombre de pathogènes. La qPCR risque toutefois de mener à la sous-estimation de l’activité phagique en raison de son incapacité à distinguer les cellules viables des non viables. Dans cette étude, nous avons évalué l’utilité du monoazide de propidium, un colorant qui ne pénètre pas la membrane bactérienne et qui inhibe l’amplification d’ADN extracellulaire et d’ADN dans des cellules mortes ou dans lesquelles la membrane est endommagée, combiné à la qPCR pour identifier les cellules d’E. coli ayant survécu à l’exposition à des phages. Nos travaux ont porté sur la souche Escherichia coli O157:H7 R508N et 4 phages (analogues à T5, à T1, à T4 et à O). Nous avons comparé les résultats obtenus par qPCR avec monoazide de propidium et ceux obtenus par étalement direct sur gélose, et nous avons constaté que le monoazide de propidium inhibe l’amplification de l’ADN des cellules endommagées d’E. coli O157:H7. En effet, l’étalement direct sur gélose a donné lieu à une surestimation (p < 0,01) de l’efficacité phagique, puisque des phages fixés à la surface des bactéries E. coli O157:H7 ont lysé des cellules durant l’incubation. Le traitement des échantillons avec le monoazide de propidium combiné à la qPCR peut donc être considéré comme avantageux pour évaluer l’efficacité des bactériophages dans la lutte contre E. coli O157:H7.

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