Modified paired end rapid library preparation protocol for 454 GS Junior 8 kb library preparation using Covaris g-tubes and BluePippin electrophoresis.

Hill, J., Chaban, B.L., Town, J.R., Links, M.G., et Dumonceaux, T.J. (2014). « Modified paired end rapid library preparation protocol for 454 GS Junior 8 kb library preparation using Covaris g-tubes and BluePippin electrophoresis. », Protocol Exchange. doi : 10.1038/protex.2014.028  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Nous décrivons ici un protocole différent de celui de Roche pour la préparation rapide d’une banque d’extrémités appariées de fragments de 8 kb. Nous utilisons les tubes de Covaris pour la fragmentation de l’ADN (g-TUBE), ce qui élimine la nécessité d’un appareil HydroShear et d’une plateforme d’électrophorèse BluePippin (Sage Science) pour trier les fragments de 8 kb, éliminant la nécessité de procéder à une électrophorèse sur gel d’agarose et de récupérer l’échantillon au moyen d’un dispositif d’électroélution Elutrap (Whatman). Ces deux modifications permettent d’obtenir les banques beaucoup plus rapidement (en éliminant l’étape d’une nuit) et requièrent également moins d’investissement en matériel de laboratoire. Notre protocole de préparation permet d’obtenir des banques d’extrémités appariées respectant toutes les exigences de qualité du protocole original ainsi que d’excellents résultats de séquençage avec un appareil GS Junior. Le protocole que nous présentons peut servir aux plus petits groupes de recherche qui veulent préparer des banques d’extrémités appariées.

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