Assessing the spatial dependence of adaptive loci in 43 European and Western Asian goat breeds using AFLP markers.

Colli, L., Joost, S., Negrini, R., Nicoloso, L., Crepaldi, P., Ajmone-Marsan, P., Ibeagha-Awemu, E.M., et les autres (2014). « Assessing the spatial dependence of adaptive loci in 43 European and Western Asian goat breeds using AFLP markers. », PLoS ONE, 9(1: Article number e86668). doi : 10.1371/journal.pone.0086668  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Contexte : Au cours des dernières décennies, on s’est beaucoup servi de marqueurs neutres de l’ADN pour étudier les caractéristiques démographiques ainsi que la génétique et la structure des populations de races d’élevage, mais l’on s’est moins intéressé à l’évaluation du potentiel adaptatif de ces races par l’identification des régions génomiques susceptibles d’être associées à la sélection naturelle. Méthodologie/principales constatations : Le paysage génomique peut apporter beaucoup à l’ensemble du système d’élevage par l’identification des génotypes les mieux adaptés à des conditions environnementales extrêmes ou particulières. Ainsi, nous avons analysé 101 marqueurs AFLP chez 43 races de chèvres de l’Europe et de l’ouest de l’Asie avec le logiciel MATSAM, en adoptant une approche corrélative (SAM) et en nous servant de MCHEZA et de BAYESCAN, deux logiciels de type F{SUB}S{/SUB}{SUB}T{/SUB} capables de détecter les marqueurs portant la signature de la sélection naturelle. MATSAM nous a permis d’identifier quatre locus probablement associés à la sélection naturelle – également confirmés par des méthodes de détection des valeurs aberrantes F{SUB}S{/SUB}{SUB}T{/SUB} – et significativement associés à des variables environnementales telles que l’amplitude thermique diurne, la fréquence des précipitations, l’humidité relative et le rayonnement solaire. Conclusions/importance : Ces résultats indiquent que la génomique du paysage peut fournir des renseignements utiles sur les facteurs environnementaux qui ont une incidence sur le potentiel adaptatif des animaux d’élevage vivant dans des conditions climatiques particulières. Outre la valorisation de la conservation des ressources génétiques des races d’élevage, cette connaissance peut mener à l’élaboration de nouveaux outils moléculaires qui seront utiles pour préserver le potentiel adaptatif des races locales dans les programmes d’amélioration génétique et pour accroître l’adaptabilité des races industrielles à des environnements changeants.

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