Development of Microsatellite Markers in Tung Tree (Vernicia fordii) Using Cassava Genomic Sequences.

Zhang, L., Luo, M.-C., You, F.M., Nevo, E., Sun, D.F., et Peng, J. (2014). « Development of Microsatellite Markers in Tung Tree (Vernicia fordii) Using Cassava Genomic Sequences. », Plant Molecular Biology Reporter. doi : 10.1007/s11105-014-0804-3  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

L’arbre de tung (Vernicia fordii) est un végétal ligneux oléagineux indigène de la Chine. L’huile extraite des fruits constitue une importante matière première entrant dans la production industrielle et de biodiésel. Les marqueurs microsatellites (ou marqueurs SSR [Simple Sequence Repeat]) constituent des outils efficaces pour l’évaluation des germoplasmes et pour la reproduction assistée par marqueurs des végétaux. La présente étude visait à élaborer des marqueurs SSR pour l’arbre de tung au moyen de séquences génomiques du manioc, et à vérifier l’efficacité de marqueurs SSR transférables entre les espèces. D’après le principe de la génomique comparative, les marqueurs SSR ont été conçus selon les séquences génomiques du manioc et mis à l’essai sur l’arbre de tung et d’autres espèces d’Euphorbiacées. Parmi 255 marqueurs SSR fondés sur le manioc, 104 (41 %) pourraient efficacement amplifier l’ADN de l’arbre de tung, et une forte proportion de ces marqueurs transférables pourraient aussi donner de bons résultats chez d’autres espèces d’Euphorbiacées, soit le Vernicia montana (98 %), le ricin (92 %) et le Jatropha curcas (88 %). Le génotypage d’un ensemble de 16 accessions d’arbre de tung au moyen de 104 marqueurs SSR transférables a permis d’obtenir 437 allèles, dont 162 étaient polymorphes; l’indice d’information de Shannon variait entre 0,000 et 0,560, avec une moyenne de 0,139. Un arbre phylogénétique a permis de distinguer sans ambigüité les 32 accessions des espèces d’Euphorbiacées susmentionnées. L’utilisation des ressources génomiques du manioc constitue une approche efficace pour élaborer des marqueurs SSR pour l’arbre de tung, lorsqu’on ne dispose pas de la séquence génomique de celui ci. Les marqueurs SSR ainsi élaborés faciliteront l’évaluation du matériel génétique et d’autres examens à l’échelle moléculaire chez l’arbre de tung.

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