Development of a multiplex reverse transcription-PCR assay for simultaneous detection of garlic viruses.

Hu, X., Lei, Y., Wang, P., Tang, L., He, C.Z., Song, Y., Xiong, X., et Nie, X. (2015). « Development of a multiplex reverse transcription-PCR assay for simultaneous detection of garlic viruses. », Journal of Integrative Agriculture, 14(5), p. 900-908. doi : 10.1016/S2095-3119(14)60892-3  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Un dépistage préliminaire des virus de l’ail, réalisé dans la province du Hunan, en Chine, à l’aide de techniques existantes monoplex (simplex) de transcription inverse-amplification en chaîne par polymérase (RT-PCR), a permis de détecter quatre virus ou groupes de virus. Ces virus ou groupes de virus étaient les suivants : Onion yellow dwarf virus (OYDV), Leek yellow stripe virus (LYSV), Shallot latent virus (SLV) et allexivirus (p. ex., virus de l’ail A, B, C, D, E, X). L’analyse de séquences des amplicons d’allexivirus projetés a révélé que l’allexivirus présent dans les plantes d’ail infectées était le Garlic virus D (GarV-D), présentant une homologie de séquences de 92­97% avec différents isolats provenant d’ailleurs dans le monde. Nous avons donc mis au point une technique de RT-PCR multiplex (RT-PCRm) afin de détecter et de différencier simultanément les quatre virus ou groupes de virus. Pour y parvenir, nous avons conçu quatre paires d’amorces visant les allexivirus, l’OYDV, le LYSV et le SLV. La taille prévue des amplicons est de 183 pb (allexivirus), 265 pb (OYDV), 404 pb (LYSV) et 592 pb (SLV), respectivement. Toutes les paires d’amorces ont produit des fragments de virus spécifiques en format simplex et multiplex, ce confirme l’efficacité de la nouvelle méthode RT-PCRm pour la détection de ces virus. Nous avons également évalué la méthode RT-PCRm en l’appliquant à des échantillons de plantes d’ail recueillis dans deux régions du Hunan. Les allexivirus et les virus OYDV, LYSV et SLV ont été détectés dans 50,9, 40,3, 28,3 et 58,5 % des échantillons de feuilles, respectivement; les infections mixtes comprenant plusieurs virus touchaient 54 % des échantillons d’ail. Les résultats obtenus par RT-PCRm ont été confirmés au moyen d’essais RT-PCR simplex. En conclusion, la nouvelle méthode RT-PCRm fournit un moyen rapide, sensible et fiable de détecter et d’identifier les principaux virus de l’ail.

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