Supersize me: Cronobacter sakazakii phage GAP32.

Abbasifar, R., Griffiths, M.W., Sabour, P.M., Ackermann, H.-W., Vandersteegen, K., Lavigne, R., Noben, J.-P., Alanis Villa, A., Abbasifar, A., Nash, J.H.E., et Kropinski, A.M. (2014). « Supersize me: Cronobacter sakazakii phage GAP32. », Virology, 460-461(1), p. 138-146. doi : 10.1016/j.virol.2014.05.003  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Cronobacter sakazakii est un pathogène gram négatif pouvant se trouver dans les formules à base de lait et qui cause la méningite chez les nourrissons. Des bactériophages ont été proposés pour lutter contre ces bactéries pathogènes. Il est, toutefois, nécessaire de connaître un phage de façon approfondie et de s’assurer qu’il ne présente aucun risque avant d’en faire l’application clinique. Nous avons caractérisé le phage vB_CsaM_GAP32 (GAP32) de C. sakazakii, qui possède la deuxième plus longue séquence génomique de phage (358 663 pb). Un total de 571 gènes, y compris 545 séquences génétiques de protéines et 26 ARNt ont été identifiés, ce qui représente plus de gènes que dans la plus petite bactérie, Mycoplasma genitalium G37. Des recherches BLASTP et HHpred, ainsi que des analyses protéomiques, ont révélé que seulement 23,9 % des protéines putatives ont des fonctions définies. Parmi les caractéristiques uniques de ce phage, on retrouve : une protéine de condensation des chromosomes, deux copies de la grande sous‑unité de terminase, une lysine SAR (signal-arrest-release, SAR) prévue et une protéine de type RpoD, qui est probablement impliquée dans le passage d’une transcription précoce immédiate à une transcription précoce retardée. Ses plus proches parents sont tous des myovirus extrêmement grands, notamment le coliphage PBECO4 et le phage vB_KleM-RaK2 de Klebsiella, avec lesquels il a en commun 44 % de protéines homologues. Étant donné que ces protéines homologues ne sont pas distribuées uniformément, il est proposé que ces trois phages appartiennent à une nouvelle sous‑famille.

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