Genotyping-By-Sequencing for Plant Genetic Diversity Analysis: A Lab Guide for SNP Genotyping.

Peterson, G.W., Dong, Y., Horbach, C., et Fu, Y.B. (2014). « Genotyping-By-Sequencing for Plant Genetic Diversity Analysis: A Lab Guide for SNP Genotyping. », Diversity, 6(4), p. 665-680. doi : 10.3390/d6040665  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Le génotypage par séquençage (GBS, pour Genotyping-by-sequencing) se révèle prometteur pour l’exploration de la diversité génétique des plantes à l’échelle génomique. Mais l’application du GBS comporte encore plusieurs défis, notamment chez les espèces non modèles. Nous présentons ici le protocole de GBS que nous avons mis au point pour l’analyse de la diversité génétique des plantes. Nous utilisons deux enzymes de restriction pour réduire la complexité du génome, des étiquettes de multiplexage d’Illumina pour les codes-barres et un pipeline bio-informatique sur mesure pour le génotypage. Ce protocole de GBS axé sur la diversité génétique peut servir de guide de laboratoire facile à suivre pour un chercheur et comprend toutes les étapes du GBS réunies en cinq grands volets : préparation de l’échantillon, assemblage de la banque, séquençage, appel de SNP et analyse de la diversité. Dans cet article, nous présentons une synthèse sommaire du GBS, décrivons les procédures du GBS axé sur la diversité génétique et illustrons le principe avec une application permettant d’analyser la diversité génétique de 20 obtentions de lin (Linum usitatissimum L.). Finalement, nous discutons de questions liées à l’application du GBS. En suivant les procédures décrites et en utilisant le pipeline bio-informatique sur mesure, on peut produire des données de génotypage par SNP à l’échelle du génome pouvant servir à l’analyse classique de la diversité génétique d’une espèce végétale non modèle.

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