Genome-wide Identification and Characterization of the Gene Families Controlling Fatty Acid Biosynthesis in Flax (Linum usitatissimum L).

You, F.M., Li, P., Kumar, S., Ragupathy, R., Li, Z.N., Fu, Y.B., et Cloutier, S. (2014). « Genome-wide Identification and Characterization of the Gene Families Controlling Fatty Acid Biosynthesis in Flax (Linum usitatissimum L). », Journal of Proteomics & Bioinformatics, 7(10), p. 310-326. doi : 10.4172/jpb.1000334  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Le lin (Linum usitatissimum L.) est une plante cultivée importante en raison de ses nombreuses propriétés caractéristiques, dont une abondance d’acides gras ω-3 pour la nutrition humaine. Chez le lin comme chez les autres végétaux, la synthèse des acides gras comporte plusieurs étapes, régies par des familles différentes de gènes. En procédant par exploration génique in silico et analyse comparative, nous avons effectué à l’échelle du génome entier une identification et une caractérisation des gènes de six familles reliées à la synthèse des acides gras, y compris les gènes KAS, SAD, FAD, KCS et FAT. Dans le génome du lin ‘CDC Bethune’, nous avons pu identifier 91 gènes reliés à la synthèse des acides gras, dont 7 gènes précédemment clonés que nous avons ainsi validés. Les 84 gènes nouveaux comprennent 14 gènes de la famille KAS, 2 de la famille SAD, 13 de la famille FAD2, 3 de la famille FAD3, 38 de la famille KCS et 14 de la famille FAT. Parmi les 91 gènes identifiés, 88 ont été dupliqués à l’occasion d’événements de duplication récents touchant l’ensemble du génome. C’est notamment le cas de 13 gènes FAD2 qui semblent avoir pour origine des événements de duplication en tandem, suivis d’un événement de duplication touchant l’ensemble du génome, puis, plus récemment, la délétion d’un seul gène. Les six familles de gènes ici décrites sont hautement conservées chez les végétaux et ont divergé à une époque ancienne. Les nouveaux gènes identifiés chez le lin constitueront une ressource utile pour les travaux futurs sur le clonage et l’expression des gènes intervenant dans la synthèse des acides gras ainsi que sur l’identification des locus quantitatifs, la mise au point de marqueurs et la sélection assistée par marqueurs.

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