Complete genome sequence of three tomato ringspot virus isolates: evidence for reassortment and recombination.

Walker, M.C., Chisholm, J., Wei, T., Ghoshal, B., Saeed, H., Rott, M., et Sanfaçon, H. (2015). « Complete genome sequence of three tomato ringspot virus isolates: evidence for reassortment and recombination. », Archives of Virology, 160(2), p. 543-547. doi : 10.1007/s00705-014-2240-y  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Le génome du virus de la tache annulaire de la tomate (ToRSV, népovirus du sous-groupe C) a déjà été séquencé dans le cas d’un isolat extrait du framboisier. Dans la présente étude, nous décrivons la séquence du génome complet de trois isolats additionnels, provenant du framboisier (Rasp1-2014), de la vigne (GYV-2014) et d’une plante du genre Prunus (13C280). L’homologie de séquence entre l’ARN1 et l’ARN2 au niveau des 900 nucléotides terminaux de l’extrémité 5’ et de la région 3’ non traduite allait de 98­99 % (13C280, GYV-2014) à 80 % (Rasp1-2014). Des travaux de phylogénétique ont révélé que l’ARN 1 et l’ARN2 avaient des origines distinctes dans le cas de l’isolat Rasp1-2014, ce qui donne à penser qu’il s’est produit un réarrangement. En outre, deux recombinaisons ont été relevées dans la région 3’ non traduite et la région terminale de l’extrémité 5’ de l’ARN1.

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