Genotyping-by-sequencing (GBS), An ultimate marker-assisted selection (MAS) tool to accelerate plant breeding.

He, J.-F., Zhao, X., Laroche, A., Lu, Z.-X., Liu, H., et Li, Z.Q. (2014). « Genotyping-by-sequencing (GBS), An ultimate marker-assisted selection (MAS) tool to accelerate plant breeding. », Frontiers in Plant Science, 5(September: Article 484), p. 1-8. doi : 10.3389/fpls.2014.00484  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

La sélection assistée par marqueurs consiste à utiliser des marqueurs moléculaires pour faciliter la sélection phénotypique aux fins de l’amélioration des plantes cultivées. Plusieurs types de marqueurs moléculaires, tels que les polymorphismes mononucléotidiques (SNP), ont été identifiés et utilisés avec succès pour l’amélioration génétique de végétaux. L’application des technologies de séquençage de nouvelle génération a donné lieu à des percées remarquables dans le séquençage de génomes entiers, qui fournit des séquences à ultra-haut débit, révolutionnant ainsi le génotypage et l’amélioration des végétaux. Pour étendre l’utilisation du séquençage de nouvelle génération au génome de plantes de grande culture comme le maïs et le blé, on a mis au point la technique du génotypage par séquençage, qui permet de séquencer des échantillons multiplexés pour y détecter et génotyper les marqueurs moléculaires. Le génotypage par séquençage est une nouvelle application des protocoles de séquençage de nouvelle génération permettant de détecter et de génotyper les SNP présents dans les génomes et les populations de plantes cultivées. La technique du génotypage par séquençage fait appel à la digestion de l’ADN génomique par des enzymes de restriction, suivie de la ligation de l’adaptateur à code–barre, de l’amplification par PCR et du séquençage de l’ADN amplifié sur une piste unique de cuves à circulation. On doit recourir à des pipelines bioinformatiques pour analyser et interpréter les ensembles de données ainsi obtenus. Le génotypage par séquençage est un outil puissant et économique de sélection assistée par marqueurs qui a été utilisé avec succès pour la réalisation d’études d’association sur le génome entier, d’études de diversité génomique et d’analyses de liaison génétique et pour la découverte de marqueurs moléculaires et la sélection génomique dans le cadre d’une grande variété de programmes d’amélioration des végétaux.

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