Further development of sample preparation and detection methods for O157 and the top 6 non-O157 STEC serogroups in cattle feces.

Conrad, C.C., Stanford, K.I.M., McAllister, T.A., Thomas, J.E., et Reuter, T.R. (2014). « Further development of sample preparation and detection methods for O157 and the top 6 non-O157 STEC serogroups in cattle feces. », Journal of Microbiological Methods, 105, p. 22-30. doi : 10.1016/j.mimet.2014.06.020  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Les bactéries E. coli shigatoxinogènes (STEC) sont des agents pathogènes d’origine alimentaire responsables d’éclosions d’infection humaine partout dans le monde. Les ruminants hébergent des STEC dans leur tube digestif et, par le biais de la contamination fécale, peuvent compromettre la salubrité des aliments et de l’eau. Comme ces bactéries représentent un risque pour la santé humaine, des méthodes de détection des STEC se trouvant sur les carcasses et les parures de bœuf doivent être mises au point, comme le préconise l’USDA-FSIS. Pour surveiller les STEC avant l’abattage et la consommation humaine, nous voulions évaluer ou améliorer les méthodes de détection, dans les matières fécales de bovins, de STEC appartenant à 7 sérogroupes. Nous avons comparé les méthodes classiques à des méthodes de traitement des échantillons de matières fécales à l’aide d’un plan multifactoriel en carré latin où nous avons utilisé des matières fécales congelées ou lyophilisées. Nous avons enrichi des matières fécales autoclavées et non autoclavées avec des souches du sérotype O26:H11 ou O157:H7 suivant différentes dilutions et les avons incubées 6 heures. Chaque heure, nous avons comparé des portions enrichies au moyen de méthodes de culture classiques et de la méthode de réaction en chaîne de la polymérase quantitative (PCRq). De plus, nous avons mis au point une épreuve PCR multiplexe (PCRm) pour la détection simultanée des 7 sérogroupes suivants : O26, O45, O103, O111, O121, O145 et O157. La sensibilité diagnostique de notre essai PCRm après 6 heures d’enrichissement était supérieure (10 UFC/g pour tous les sérogroupes) à celle d’un essai PCR déjà établi (10 UFC/g pour O26, et O103; ≥ 104 UFC/g pour les autres sérogroupes). L’obtention d’isolats viables a semblé limitée par le rendement des méthodes actuelles de séparation immunomagnétique, dont l’efficacité à récupérer des colonies se situait entre 20 et 100 % selon le sérogroupe. Après la séparation immunomagnétique, nous avons analysé par PCRm 70 isolats de STEC présumés pour rechercher les gènes codant les Shiga-toxines et l’attachement. Soixante-cinq isolats étaient porteurs d’un seul gène ou des deux gènes codant les Shiga-toxines.

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