High-density single nucleotide polymorphism (SNP) array mapping in Brassica oleracea: identification of QTL associated with carotenoid variation in broccoli florets.

Brown, A.F., Yousef, G.G., Chebrolu, K.K., Byrd, R.W., Everhart, K.W., Thomas, A., Reid, R.W., Parkin, I.A.P., Sharpe, A.G., Oliver, R.E., Guzman, I., et Jackson, E.W. (2014). « High-density single nucleotide polymorphism (SNP) array mapping in Brassica oleracea: identification of QTL associated with carotenoid variation in broccoli florets. », Theoretical and Applied Genetics (TAG), 127, p. 2051-2064. doi : 10.1007/s00122-014-2360-5  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Nous avons utilisé une population de brocoli, VI-158 × BNC, comprenant 150 familles F2:3, afin de créer une carte de liaison saturée pour le Brassica oleracea (espèce diploïde : CC) à l’aide d’une puce SNP Infinium d’Illumina récemment mise au point pour le colza (Brassica napus) (espèce tétraploïde : AACC). La carte comprenait 547 marqueurs SNP non redondants répartis sur une distance de 948,1 cM couvrant neuf chromosomes, l’intervalle moyen étant de 1,7 cM. Comme les marqueurs SNP sont ancrés à la séquence de référence génomique du B. oleracea à cycle rapide TO1000, nous avons pu estimer que la carte couvrait 96 % du génome diploïde. L’analyse des caroténoïdes sur une période de deux ans a permis d’identifier 3 QTL sur deux chromosomes qui sont associés à jusque la moitié des variations phénotypiques liées à l’accumulation des composés totaux ou individuels. En explorant les séquences génomiques des deux espèces diploïdes apparentées (B. oleracea et B. rapa), nous avons également identifié, dans la région de ces QTL, des gènes qui pourraient intervenir dans la synthèse des caroténoïdes. C’est la première fois que l’on décrit le procédé consistant à utiliser une puce SNP de B. napus afin d’établir rapidement des cartes de liaison génétique à haute densité pour l’une des espèces diploïdes constitutives. La nature non ambiguë des marqueurs pour ce qui est des séquences génomiques confirme la nature des gènes à l’origine des QTL et confère une grande valeur à cette ressource, qui aura des répercussions importantes dans le domaine de la recherche sur les espèces du genre Brassica.

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