Is root DNA a reliable proxy to assess arbuscular mycorrhizal community structure?

Chagnon, P.-L. et Bainard, L.D. (2014). « Is root DNA a reliable proxy to assess arbuscular mycorrhizal community structure? », Canadian Journal of Microbiology, 60(9), p. 619-624. doi : 10.1139/cjm-2014-0235  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Les champignons mycorhizes arbusculaires (MA) sont des symbiotes de végétaux répandus qui colonisent sans restriction aussi bien le sol que les racines. Connaissant leur incidence sur les procédés des écosystèmes tels que la croissance végétale, le stockage du carbone et le recyclage des nutriments, on cherche à comprendre ce qui régit leur structure communautaire. Les communautés fongiques de MA sont de plus en plus souvent caractérisées en amplifiant de manière sélective leur ADN à partir de racines de plantes, supposant ainsi que la structure communautaire fongique des MA dans les racines est le reflet fidèle de la communauté dans son ensemble (c.-à-d. sol + racines). Ici-bas, nous mettons ce postulat à l’épreuve au moyen de simulations numériques dérivant de données publiées. Nous montrons que la structure et la diversité communautaires sont conservées dans des analyses se bornant à un sous-ensemble de la biomasse communautaire (c.-à-d. racines ou sol), pourvu que la distribution asymétrique des abondances de la communauté soit typique, dotée de très peu d’espèces dominantes et d’une prévalence élevée d’espèces rares. Puisqu’on a démontré que cette structure communautaire était répandue parmi les communautés fongiques de MA, le présent ouvrage tend à démontrer que la caractérisation de communautés fongiques de MA au moyen uniquement de racines ou du sol reflète bien de la communauté dans son ensemble. Cependant, nous révélons par d’autres analyses que la proportion de biomasse échantillonnée pour les besoins des méthodes moléculaires doit dépasser une valeur seuil pour permettre de caractériser correctement la communauté. À l’aide d’ensembles de données publiées, nous validons ces résultats et avançons que les protocoles moléculaires faisant communément usage de faibles quantités de biomasse pourraient fortement influencer la caractérisation des communaux fongiques de MA. Finalement, nous discutons d’autres éléments postulés par l’analyse moléculaire de communautés fongiques de MA et en faisons ressortir d’urgentes lacunes sur le plan des connaissances. [Traduit par la Rédaction]

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