New evidence on the relationship between Microsporidia and Fungi: A genome-wide analysis by DarkHorse software.

Xiang, H., Zhang, R., De Koeyer, D.L., Pan, G., Li, T., Liu, T., et Zhou, Z. (2014). « New evidence on the relationship between Microsporidia and Fungi: A genome-wide analysis by DarkHorse software. », Canadian Journal of Microbiology, 60(9), p. 557-568. doi : 10.1139/cjm-2014-0209  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Les Microsporidies sont un groupe de parasites eucaryotes intracellulaires obligatoires infectant un large éventail d’espèces, dont l’humain. Les analyses phylogénétiques semblent vouloir établir un lien entre les Microsporidies et les champignons. Or, la plupart des résultats sont fondés sur l’analyse d’un nombre restreint de gènes. L’analyse DarkHorse repose sur la transformation des résultats d’une requête BLAST en un indice de probabilité de lignée (IPL) et permet la comparaison de gènes d’un génome entier avec ceux d’autres génomes. Il nous est ainsi possible de déterminer quels gènes des microsporidies se classent le plus près relativement à d’autres organismes eucaryotes d’après leur IPL. Dans la présente analyse, nous avons calculé l’IPL de chaque gène de 7 génomes microsporidiens, soit Antonospora locustae, Enterocytozoon bieneusi, Encephalitozoon cuniculi, Encephalitozoon intestinalis, Nosema bombycis, Nosema ceranae et Nematocida parisii, afin d’analyser les relations génétiques unissant les Microsporidies aux autres espèces. On a constaté que plusieurs gènes (91 %) étaient en corrélation rapprochée avec des gènes d’autres génomes microsporidiens et s’accompagnaient du plus haut IPL moyen (0,985) signifiant que les Microsporidies seraient d’origine monophylétique. Dans une analyse ultérieure, nous avons exclu les autres Microsporidies de l’analyse pour explorer les liens antérieurs à la divergence des Microsporidies. Cela nous a permis de constater que 43 % des gènes microsporidiens se classaient d’abord à proximité des gènes fongiques et qu’un IPL moyen plus élevé découlait d’une comparaison avec les champignons comparativement aux autres règnes, laissant entendre que les Microsporidies seraient très proches des champignons sur le plan génomique. On a regroupé les gènes microsporidiens selon leur fonction en se basant sur la base de données KOG (« Eukaryotic COG ») et exploré les lignées possibles pour chaque famille de gènes à la lumière des résultats de DarkHorse. [Traduit par la Rédaction]

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