The Phytophthora sojae Genome Sequence: Foundation for a Revolution.

Tyler, B.M. et Gijzen, M. (2014). « The Phytophthora sojae Genome Sequence: Foundation for a Revolution. », dans Ralph A. Dean, Ann Lichens-Park, Chittaranjan Kole (dir.) - Genomics of Plant-Associated Fungi and Oomycetes: Dicot Pathogens, Springer, Chapitre 7, p. 133-157.

Résumé

Le Phytophthora sojae est un micro-organisme terricole causant une pourriture des tiges et des racines chez le soja. Le genre Phytophthora compte environ 120 espèces phytopathogènes. Ces organismes eucaryotes sont des oomycètes, lesquels ressemblent à des champignons mais appartiennent plutôt au règne des Straménopiles. Les organismes du genre Phytophthora et des genres apparentés tels que Pythium, Peronospora et Albugo provoquent des maladies très destructrices chez plusieurs plantes de grande importance pour l’agriculture, l’horticulture, l’industrie forestière et les écosystèmes naturels. Un séquençage préliminaire des génomes du P. sojae ainsi que du pathogène forestier P. ramorum a été réalisé en 2004 et publié en 2006. Il s’agissait des premiers génomes d’oomycètes à être séquencés, et cette nouvelle source d’information a révolutionné notre compréhension des mécanismes d’infection de ces pathogènes et a propulsé les recherches sur les oomycètes au premier plan des études sur les interactions moléculaires entre végétaux et micro-organismes. Le séquençage du génome du P. sojae et d’autres oomycètes a permis de nombreuses découvertes importantes, dont les suivantes : l’organisation bipartite du génome des oomycètes, où les gènes à évolution rapide intervenant dans l’infection sont situés dans des régions dynamiques, riches en transposons, tandis que les gènes constitutifs hautement conservés sont situés dans des régions stables, riches en gènes; la production de deux classes de protéines effectrices, qui peuvent traverser dans le cytoplasme des cellules végétales hôtes pour en supprimer l’immunité; le rôle de la variation épigénétique dans l’adaptation des oomycètes pathogènes; le rôle du transfert horizontal de gènes, entre oomycètes et végétaux, dans l’introduction de facteurs essentiels de virulence dans le génome des oomycètes phytopathogènes.

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