The genome of the generalist plant pathogen Fusarium avenaceum is enriched with genes involved in redox, signaling and secondary metabolism.

Lysøe, E., Harris, L.J., Walkowiak, S., Subramaniam, R., Divon, H.H., Riiser, E.S., Llorens, C., Gabaldón, T., Kistler, H.C., Jonkers, W., Kolseth, A.-K., Nielsen, K.F., Thrane, U., et Frandsen, R.J.N. (2014). « The genome of the generalist plant pathogen Fusarium avenaceum is enriched with genes involved in redox, signaling and secondary metabolism. », PLoS ONE, 9(11: e112703). doi : 10.1371/journal.pone.0112703  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Le Fusarium avenaceum est un champignon habituellement trouvé dans le sol et associé à un grand éventail de plantes hôtes. Les auteurs présentent trois séquences génomiques du F. avenaceum : l’une d’entre elles a été isolée de l’orge en Finlande, et les deux autres proviennent du blé de printemps et du blé d’hiver au Canada. Les trois génomes varient entre 41,6 et 43,1 Mb, et on prédit qu’ils comptent de 13 217 à 13 445 gènes codant des protéines. L’analyse des génomes entiers a montré que les trois sont fortement synténiques, et comptent 95 % de gènes orthologues. Une analyse comparative fondée sur d’autres espèces du genre Fusarium dont le génome a été séquencé indique que le F. avenaceum présente un très grand potentiel de production de métabolites secondaires, et compte de 75 à 80 enzymes clés appartenant aux classes de synthases des polycétides, des peptides non ribosomiques, des terpènes, des alcaloïdes et des indoles diterpènes. En plus des métabolites connus du F. avenaceum, les composés fuscofusarine et JM-47 ont été détectés pour la première fois chez cette espèce. Bon nombre de familles de protéines sont étendues chez le F. avenaceum, comme les facteurs de transcription et les protéines participant aux réactions d’oxydoréduction et à la transduction des signaux, ce qui indique une adaptation évolutionnaire à une écologie diversifiée et cosmopolite. Les auteurs ont constaté que 20 % de toutes les protéines prédites étaient sécrétées dans l’espace extracellulaire durant l’interaction avec les plantes hôtes.

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