Estimation of genomic breeding values for residual feed intake in a multibreed cattle population.

Khansefid, M., Pryce, J.E., Bolormaa, S., Miller, S.P., Wang, Z., Li, C., et Goddard, M.E. (2014). « Estimation of genomic breeding values for residual feed intake in a multibreed cattle population. », Journal of Animal Science, 92(8), p. 3270-3283. doi : 10.2527/jas.2014-7375  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

La consommation alimentaire résiduelle (CAR) est une mesure de l’efficacité de l’utilisation des aliments par les animaux. On pourrait améliorer l’exactitude des VEEG (valeurs d’élevage estimées génomiques) pour la CAR en augmentant la taille de la population de référence. Combiner les registres de CAR des différentes races est une façon d’y arriver. Dans la présente étude, nous voulions : 1) mettre au point une méthode de calcul des VEEG dans une population multirace et 2) améliorer l’exactitude des VEEG en utilisant les SNP associés à la CAR. Nous décrivons également une autre méthode de calcul de l’exactitude des VEEG utilisant des équations de la méthode BLUP génomique (BLUPG) et la comparons à des tests de validation croisée. L’ensemble de données comprenait les registres de CAR et 606 096 génotypes de SNP pour 5 614 animaux (Bos taurus), dont 842 génisses Holstein et 2 009 bovins de boucherie australiens et 2 763 bovins de boucherie canadiens. Une série de modèles ont été vérifiés pour la combinaison de l’information sur le génotype et le phénotype de différentes races et le meilleur modèle a été celui qui comportait un effet global de chaque SNP, un effet de chaque SNP spécifique d’une race et un effet polygénique résiduel léger défini par la généalogie. Dans ce modèle, les génisses Holstein et certains bovins Angus ont été combinés en une « race-catégorie » parce qu’il s’agissait des seuls bovins chez lesquels la CAR avait été mesurée à un jeune âge (6-9 mois) et qu’ils avaient reçu une ration similaire. L’exactitude moyenne empirique (0,31), estimée par calcul de la corrélation entre les VEEG et les phénotypes réels divisée par la racine carrée de l’héritabilité estimée dans les tests de validation croisée à 5 sous-ensembles, s’approchait de l’exactitude attendue avec les équations BLUPG (0,34). Les exactitudes empirique et attendue moyennes étaient de 0,30 et 0,31, respectivement, lorsque les VEEG ont été estimées individuellement pour chaque race. Par conséquent, la population de référence multirace a permis d’augmenter légèrement l’exactitude des VEEG, même si le gain a été supérieur pour les races comptant un nombre d’individus plus bas dans la population de référence (0,08 chez les bovins Murray Grey et 0,11 chez les bovins Hereford pour l’exactitude empirique). Dans une deuxième approche, les SNP significativement associés (p < 0,001) à la CAR dans les études d’association pangénomique sur les bovins de boucherie ont été utilisés pour la création d’une matrice de parenté génomique auxiliaire en vue de l’estimation des VEEG chez les génisses Holstein. Les exactitudes empirique (et attendue) des VEEG entre les génisses Holstein ont augmenté, passant de 0,33 (0,35) à 0,39 (0,36) et ont été améliorées davantage pour atteindre 0,43 (0,50) grâce à l’utilisation d’une population de référence multirace. Par conséquent, une population de référence multirace est une ressource utile pour que l’on puisse trouver des SNP affichant une association supérieure à la moyenne avec la CAR chez une race donnée et estimer les VEEG chez une autre race.

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