Codon-based phylogenetics introduces novel flagellar gene markers to oomycete systematics.

Robideau, G.P., Rodrigue, N., et Lévesque, C.A. (2014). « Codon-based phylogenetics introduces novel flagellar gene markers to oomycete systematics. », Molecular Phylogenetics and Evolution, 79(1), p. 279-291. doi : 10.1016/j.ympev.2014.04.009  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

La systématique des oomycètes a toujours reposé sur les séquences de l’ARN ribosomique et de la cytochrome oxydase mitochondriale. Nous faisons état ici de l’emploi de deux gènes flagellaires à copie unique codant des protéines, les gènes PF16 et OCM1, dans la systématique des oomycètes, montrant leur utilité dans la reconstruction phylogénétique et l’identification des espèces. En appliquant un modèle de mutation-sélection à substitution de codons proposé récemment, nous avons constaté que les relations phylogénétiques inférées par les gènes flagellaires concordaient largement avec les points de vue actuels sur l’évolution des oomycètes, alors que les modèles d’évolution à nucléotides et à acides aminés produisent des reconstructions biologiquement peu plausibles. Des parallèles intéressants ont été faits entre la phylogénie inférée des gènes flagellaires et l’ontologie des zoospores, ce qui constitue un appui externe à l’arbre obtenu avec le modèle à codons. La résolution atteinte pour l’identification des espèces est suffisante avec le gène PF16 et passablement robuste avec le gène OCM1, et les amorces PCR décrites peuvent amplifier les deux gènes pour plusieurs genres d’oomycètes. Dans l’ensemble, lorsqu’ils sont analysés avec un solide modèle à substitution de codons, ces gènes flagellaires fournissent des marqueurs utiles à la trousse d’outils moléculaires pour les oomycètes.

Date de modification :