An In-depth Analysis of a Multilocus Phylogeny Identifies leuS As a Reliable Phylogenetic Marker for the Genus Pantoea.

Tambong, J.T., Xu, R., Kaneza, C.A., et Nshogozabahizi, J.C. (2014). « An In-depth Analysis of a Multilocus Phylogeny Identifies leuS As a Reliable Phylogenetic Marker for the Genus Pantoea. », Evolutionary Bioinformatics, 10, p. 115-125. doi : 10.4137/EBO.S15738  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Nous avons analysé la séquence partielle de six gènes conservés (fusA, gyrB, leuS, pyrG, rlpB et rpoB) chez 37 souches de Pantoea pour mieux comprendre les relations phylogénétiques à l’intérieur du genre et comparer la topologie des arbres phylogénétiques en vue d’identifier des gènes permettant de distinguer, de manière fiable, des espèces et des sous-espèces. Tous les gènes utilisés dans cette étude ont été efficaces au niveau de l’espèce, mais les nœuds internes représentaient des ancêtres communs contradictoires dans la phylogénie de fusA- et pyrG-. La concaténation des gènes a permis de corroborer la parenté d’ADN prévue, faisant ressortir l’importance de l’analyse des séquences multilocus. La comparaison par paires des distances topologiques et des pourcentages de similarité révèle une influence différentielle significative des gènes individuels sur la topologie de l’arbre des concaténères. Dans les phylogénies inférées des gènes leuS – et fusA-, nous avons trouvé les distances topologiques de l’arbre des concacténères les plus faibles (4) et les plus élevées (52). Ces données cadrent bien avec le pourcentage de similarité élevé (96,3 %) et faible (64,4 %) des topologies phylogénétiques inférées des gènes leuS- et fusA-, respectivement, à partir de l’arbre des concaténères. Ainsi, en l’absence d’un taux de recombinaison significatif, il semble que la topologie de l’arbre des gènes concaténés soit fortement influencée par le gène ayant le plus grand nombre de sites polymorphes et non synonymes.

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