Comparative analysis of the base compositions of the pre-mRNA 3′ cleaved-off region and the mRNA 3′ untranslated region relative to the genomic base composition in animals and plants.

Li, X.-Q. (2014). « Comparative analysis of the base compositions of the pre-mRNA 3′ cleaved-off region and the mRNA 3′ untranslated region relative to the genomic base composition in animals and plants. », PLoS ONE, 9(6: Article e99928). doi : 10.1371/journal.pone.0099928  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

La région clivée en 3’ de l’ARN pré-messager (pré-ARNm) [3’COR, pour 3’cleaved-off region) et la région 3’ non traduite (UTR) de l’ARNm jouent des rôles importants sans la régulation de l’expression génique. Les différences dans la composition en bases de ces régions et les génomes correspondants sont encore très peu caractérisées chez les animaux et les plantes. Dans ces travaux, nous avons comparé la composition en bases des 3’COR non redondantes et des 3’UTR avec les génomes correspondants de onze animaux, quatre plantes dicotylédones et trois monocotylédones (céréales). Parmi les quatre bases (A, C, G et U, pour adénine, cytosine, guanine et uracile, respectivement), l’U (qui correspond à T, pour thymine, dans l’ADN) était la base la plus fréquente; l’A, la deuxième plus fréquente; la G, la troisième plus fréquente et la C, la moins fréquente dans la plupart des 3’COR des pré-ARNm et des 3’UTR. Par comparaison avec les génomes entiers, dans ces deux régions, la base la plus fréquente était l’U, particulièrement chez les plantes monocotylédones, et la base la moins fréquente, la C. Pour les quatre groupes d’espèces, la teneur en U des 3’COR et des 3’UTR était, par ordre décroissant : plantes dicotylédones, plantes monocotylédones, animaux non mammaliens et mammifères. En revanche, c’est chez les plantes dicotylédones que la teneur génomique en T était la plus élevée et chez les monocotylédones qu’elle était la plus faible; chez les animaux, la teneur génomique en T était intermédiaire. Ces résultats semblent indiquer que : 1) tant chez les animaux que chez les plantes, il y aurait un mécanisme biaisé en faveur de l’U et en défaveur de la C dans les 3′COR et les 3′UTR; 2) en tant qu’unités fonctionnelles, les 3′UTR et les 3′COR réduisent l’importance de différences entre les plantes dicotylédones et les monocotylédones, alors que les génomes de ces groupes de plantes ont évolué en deux groupes opposés en ce qui a trait à la composition en bases.

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