Motif types, motif locations and base composition patterns around the RNA polyadenylation site in microorganisms, plants and animals.

Li, X.-Q. et Du, D. (2014). « Motif types, motif locations and base composition patterns around the RNA polyadenylation site in microorganisms, plants and animals. », BMC Evolutionary Biology, 14(162). doi : 10.1186/s12862-014-0162-7  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Contexte. La polyadénylation de l’ARN est essentielle au fonctionnement du gène, mais chez la plupart des espèces, les motifs aux séquences conservées (aussi appelés signaux ou signatures), l’emplacement et l’abondance des motifs, ainsi que les profils de composition des bases à proximité des sites de polyadénylation [poly(A)] de l’ARNm sont encore mal connus, et on en connaît très peu sur la tendance évolutionnaire de la sélection des sites de polyadénylation. Résultats. Nous avons analysé les sites de polyadénylation de 31 espèces ou embranchements. Différents groupes d’espèces présentaient différents signaux de polyadénylation : UUACUU au site poly(A) chez le parasite Trypanosoma cruzi; UGUAAC (à environ 13 bases en amont du site) chez l’algue Chlamydomonas reinhardtii; UGUUUG (ou UGUUUGUU) principalement à la quatrième base en aval du site poly(A) chez le parasite Blastocystis hominis; et AAUAAA à environ 16 bases en amont du site poly(A) chez les animaux et à environ 19 bases en amont, chez les plantes. Les signaux de polyadénylation sont habituellement plusieurs centaines de fois plus abondants autour des sites poly(A) que dans l’ensemble du génome. Ces motifs prédominants avaient habituellement des emplacements très précis, en amont ou en aval des sites poly(A), selon l’espèce ou l’embranchement. Chez toutes les espèces analysées, le site poly(A) était habituellement une adénosine (A), sauf chez B. hominis, et il y avait une faible prédominance d’adénosine chez C. reinhardtii. Chez les champignons, les animaux, les plantes et le protiste Phytophthora infestans, nous avons observé un profil commun de composition en bases : ?U-riche?A-riche?U-riche?Poly(A) régions?riches en sites?U, ou U-A-U-A-U , en abrégé, avec une certaine variation selon le règne ou le sous-règne. Conclusion. Ces travaux ont permis d’identifier le signal de polyadénylation, l’emplacement des signaux, et les profils de composition en bases à proximité des sites poly(A) de l’ARNm chez des protistes, des champignons, des plantes et des animaux. Ils renseignent également sur l’évolution des sites de polyadénylation.

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