Metatranscriptome analysis of fungal strains Penicillium camemberti and Geotrichum candidum reveal cheese matrix breakdown and potential development of sensory properties of ripened Camembert-type cheese.

Lessard, M.-H., Viel, C., Boyle, B., St-Gelais, D., et Labrie, S (2014). « Metatranscriptome analysis of fungal strains Penicillium camemberti and Geotrichum candidum reveal cheese matrix breakdown and potential development of sensory properties of ripened Camembert-type cheese. », BMC Genomics, 15(1: Article number 235), p. 1-13. doi : 10.1186/1471-2164-15-235  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Contexte. L’affinage des fromages de type camembert repose principalement sur des champignons, dont le Geotrichum candidum et le Penicillium camemberti. Ces espèces fongiques contribuent de façon importante à la texture et à la flaveur des fromages à croûte fleurie. Des études biochimiques ont montré que le G. candidum réduit l’amertume et accroît la flaveur soufrée du fromage par le catabolisme des acides aminés en plus d’influer sur la texture de la croûte, sa fermeté et son épaisseur, tandis que le P. camemberti est responsable de la couleur blanche et de l’aspect fleuri de la croûte et de la production d’enzymes protéolytiques et lipolytiques. On en connaît toutefois très peu sur les déterminants génétiques qui codent ces propriétés ou sur leurs profils d’expression temporelle durant l’affinage. Résultats. Nous avons étudié le métatranscriptome d’un camembert industriel canadien sur une période d’affinage de 77 jours. Au cours de cette période, nous avons prélevé 7 échantillons (différentes journées) et produit une base de données appelée CamemBank01, contenant 1 060 019 étiquettes de séquences (lectures) assemblées en 7916 contigs. L’analyse des séquences a révélé que 57 % des contigs pouvaient être associés à des moisissures et 16 % à des levures, mais 27 % ne pouvaient être identifiées. Selon l’annotation fonctionnelle, les principaux processus qui ont lieu durant l’affinage du camembert comprennent l’expression génique, les processus liés au métabolisme de l’énergie, des glucides, des acides organiques, des lipides et des protéines, la croissance cellulaire et la réponse à différents stress. Les données sur l’expression relative indiquent que ces activités se déroulent surtout au cours des deux premières semaines de la période d’affinage. Conclusions. Ces données aident à mieux comprendre les activités biologiques de la microflore fongique dominante dans l’affinage du camembert et contribueront à la sélection de marqueurs biologiques pour l’évaluation de la qualité du fromage.

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