Clonal diversity and genetic differentiation revealed by SSR markers in wild Vaccinium macrocarpon and Vaccinium oxycoccos.

Zalapa, J.E., Bougie, T.C., Bougie, T.A., Schlautman, B.J., Wiesman, E., Guzman, A., Fajardo, D.A., Steffan, S., et Smith, T.W. (2015). « Clonal diversity and genetic differentiation revealed by SSR markers in wild Vaccinium macrocarpon and Vaccinium oxycoccos. », Annals of Applied Biology, 166(2), p. 196-207. doi : 10.1111/aab.12173  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

La canneberge à gros fruits (Vaccinium macrocarpon) est une espèce vivace ligneuse originaire des tourbières ombrotrophes et des milieux humides en Amérique du Nord. Les canneberges constituent l’une des rares plantes indigènes importantes sur le plan agricole pour lesquelles il est encore facile d’obtenir le patrimoine génétique sauvage dans les milieux humides non aménagés du nord des États-Unis et du Canada. Des études antérieures ont fait état d’une faible variation génétique chez V. macrocarpon au niveau de l’espèce et de la population. Toutefois, dans la présente étude, nous avons caractérisé 229 individus de canneberges sauvages V. macrocarpon et V. oxycoccos (petite canneberge) du Wisconsin ainsi que 22 spécimens à l’aide de marqueurs microsatellites. Nous avons également observé d’importantes variations et différentiations génétiques au sein des populations et des espèces de même qu’entre les populations et les espèces. L’analyse du V. macrocarpon à l’aide de 108 allèles provenant de 11 loci microsatellites a permis de déceler 42 génotypes uniques, alors que l’analyse du V. oxycoccos à l’aide de 156 allèles provenant de 8 loci microsatellites a permis de déceler 28 génotypes uniques. En tout 182 allèles ont été trouvés chez les deux espèces; 156 allèles étaient présents chez le V. oxycoccos et 84, chez le V. macrocarpon. Les 8 loci possédaient des allèles propres à chaque espèce; V. oxycoccos possède 98 allèles privés, alors que le V. macrocarpon en possède 26, et 58 allèles étaient communs aux deux espèces. Les données que nous avons obtenues seront utiles non seulement pour les recherches futures sur la diversité génétique et la génétique des populations de la canneberge sauvage, mais également pour d’autres études sur la sélection et la génétique des canneberges.

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