A National Investigation of the Prevalence and Diversity of Thermophilic Campylobacter Species in Agricultural Watersheds in Canada

Khan, I.U.H., Gannon, V.P.J., Jokinen, C.C., Kent, R., Koning, W., Lapen, D.R., Medeiros, D.T., Miller, J.J., Neumann, N.F., Phillips, R., Schreier, H., Topp, E., van Bochove, É., Wilkes, G.A., et Edge, T.A. (2014). « A National Investigation of the Prevalence and Diversity of Thermophilic Campylobacter Species in Agricultural Watersheds in Canada », Water Research, 61, p. 243-252. doi : 10.1016/j.watres.2014.05.027  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Nous avons examiné la fréquence et la diversité des espèces thermophiles de Campylobacter (C. jejuni, C. coli et C. lari) dans des échantillons d’eau de quatre bassins fluviaux au Canada. Ces bassins, situés au Québec (Bras d’Henri), en Alberta (Oldman), en Ontario (South Nation) et en Colombie-Britannique (Sumas), se trouvent dans des régions d’élevage intensif de porcins, de bovins de boucherie, de bovins laitiers et de volaille, respectivement. Nous avons analysé 769 échantillons d’eau de 23 points de surveillance touchés par des activités agricoles et de quatre sites de référence non touchés ou peu touchés par l’agriculture. Des échantillons d’eau prélevés deux fois par semaine pendant deux ans ont été analysés à la recherche de bactéries Campylobacter par une méthode semi-quantitative d’enrichissement appelée méthode du nombre minimum probable. Les isolats présumés ont été confirmés par des épreuves de PCR multiplexe caractérisant le genre et l’espèce. Au total, 377 échantillons d’eau (49 %) contenaient des campylobactéries. Dans 355 d’entre eux, le nombre minimum probable variait de 4 à 4000 L-1. Dans chaque bassin fluvial, les campylobactéries étaient plus courantes dans les sites agricoles que dans les sites de référence, mais la différence n’était pas significative dans les bassins des rivières Oldman et South Nation (p > 0,05). Il y avait significativement plus de Campylobacter dans les bassins des rivières Bras d’Henri et Sumas (63 %) que dans ceux de South Nation (45 %) et d’Oldman (33 %) [p < 0,05]. Nous avons détecté les espèces C. jejuni, C. coli et C. lari dans tous les bassins fluviaux, et ces espèces ont été trouvées dans 45 % (n = 168), 34 % (n = 128) et 19 % (n = 73) respectivement de tous les échantillons positifs pour les Campylobacter. Les autres échantillons d’eau positifs pour les Campylobacter dans lesquels il n’y avait aucune de ces trois espèces (n = 67; 18 %) ont été désignés « autres espèces de Campylobacter. C. jejuni était l’espèce dominante dans les échantillons des bassins des rivières Sumas, Oldman et South Nation. Dans le bassin fluvial Bras d’Henri, une région dans laquelle la production porcine est intense, C. coli était l’espèce dominante. Les résultats de cette étude montrent que les campylobactéries sont communes dans certains systèmes intensifs d’élevage et que le profil des bactéries thermophiles dominantes du genre Campylobacter (C. jejuni ou C. coli) peut différer de façon marquée d’un bassin fluvial à un autre.

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