Comparative analysis of genetic diversity in Canadian barley assessed by SSR, DArT and pedigree data.

Lamara, M., Zhang, L.Y., Marchand, S., Tinker, N.A., et Belzile, F.J. (2013). « Comparative analysis of genetic diversity in Canadian barley assessed by SSR, DArT and pedigree data. », Genome, 56(6), p. 351-358. doi : 10.1139/gen-2013-0048  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

L’objectif de cette étude était de mesurer la diversité génétique et la structure des populations parmi 92 cultivars canadiens d’orge en utilisant deux types de marqueurs moléculaires (SSR et DArT) et le pedigree. Un total de 368 allèles ont été identifiés à 50 locus SSR. Le nombre d’allèles par locus variait de 2 à 13 (x̄ = 7,36) et l’indice PIC variait entre 0,34 et 0,86 (x̄ = 0,69). Pour les marqueurs bialléliques DArT, la matrice de distance génétique s’est basée sur 971 marqueurs dont les indices PIC variaient entre 0,06 et 0,50 (x̄ = 0,39). Une troisième matrice de distance a été calculée basée sur le coefficient de parenté. Un groupement des génotypes a été effectué basé sur les matrices de distances génétiques et les trois dendrogrammes obtenus ont montré les relations génétiques entre les cultivars d’orge. La similarité topologique des trois dendrogrammes a été estimée en utilisant un indice de congruence et a montré que les trois dendrogrammes présentent une très bonne concordance. Les analyses statistiques ont également montré une corrélation très significative entre les matrices SSR et DArT (r = 0,80, p < 0,002) mais une faible corrélation positive entre la matrice basée sur le pedigree et les matrices basées sur les deux types de marqueurs (r = 0,46, p < 0,002; r = 0,52, p < 0,002). Finalement, nous avons étudié le déséquilibre de liaison (LD) au sein de cette collection et avons trouvé qu’elle s’étendait sur une bonne distance; en effet, la distance génétique entre marqueurs présentant un LD significatif (P < 0,001) et des valeurs de r2 > 0,5 était de 3,8 cM en moyenne. L’information obtenue en comparant les résultats de différentes méthodes d’estimation de la diversité génétique sera utile pour l’amélioration et la conservation des ressources génétiques chez l’orge.

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