Using genotyping-by-sequencing (GBS) for genomic discovery in cultivated oat.

Huang, Y.-F., Poland, J., Wight, C.P., Jackson, E.W., et Tinker, N.A. (2014). « Using genotyping-by-sequencing (GBS) for genomic discovery in cultivated oat. », PLoS ONE, 9(7: Article e102448). doi : 10.1371/journal.pone.0102448  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Grâce aux progrès du séquençage de nouvelle génération, il est maintenant possible d’utiliser des techniques économiques de génotypage à haut débit, dont le génotypage par séquençage. Les résultats obtenus montrent que cette technique est efficace pour le génotypage d’espèces variées, y compris celles qui possèdent un génome complexe. Afin d’évaluer l’utilité du génotypage par séquençage chez l’avoine hexaploïde cultivée (Avena sativa L.), nous avons étudié sept populations biparentales de cartographie et un ensemble divers de lignées pures issues de programmes d’amélioration génétique du monde entier. Nous avons examiné les facteurs techniques ayant une incidence sur les appels de SNP, établi un processus combinant deux pipelines d’analyse bioinformatique pour l’appel des SNP et fourni une nomenclature pour les locus ainsi relevés chez l’avoine. Le système de génotypage par séquençage à haut débit a permis de placer 45 117 locus sur une carte consensus de l’avoine. Un système de positionnement de référence a ainsi été établi pour les futures études génomiques. À l’aide des lignées pures, nous avons estimé qu’une densité minimale de 1 marqueur par 2 à 2,8 cM serait requise pour les études d’association sur le génome entier. Les marqueurs repérés au moyen du génotypage par séquençage satisfaisaient à cette exigence de densité dans la plupart des régions chromosomiques. Nous avons également démontré l’utilité du génotypage par séquençage pour diverses applications diagnostiques liées à l’amélioration de l’avoine. Nous concluons que le génotypage par séquençage est une technique très efficace et utile, qui aura de nombreuses applications dans les domaines de l’amélioration de l’avoine et des études génomiques.

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