MicroRNAs in bovine adipogenesis: genomic context, expression and function.

Romao, J.M., Jin, W., He, M.L., McAllister, T.A., et Guan, L.L. (2014). « MicroRNAs in bovine adipogenesis: genomic context, expression and function. », BMC Genomics, 15(1: Article 137). doi : 10.1186/1471-2164-15-137  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Contexte : Les microARN (miARN) sont de petits ARN non codants qui régulent plusieurs processus biologiques, dont l’adipogenèse. La compréhension de la régulation du tissu adipeux est essentielle en ce qui concerne les bovins de boucherie étant donné que le gras est un important déterminant de la qualité et de la valeur nutritive du bœuf. La présente étude analyse l’association entre, d’une part, les caractéristiques du contexte génomique des miARN et, d’autre part, l’expression et la fonction de ces derniers dans le tissu adipeux bovin. Vingt-quatre biopsies de tissu adipeux sous-cutané ont été pratiquées sur huit bouvillons de race croisée (British x Continental) à trois points dans le temps. L’ARN total a été extrait, et les miARN ont été caractérisés au moyen d’une micropuce à miARN, leur expression ayant été validée par qRT-PCR. Résultats : Un total de 224 miARN ont été détectés, dont 155 étaient exprimés dans tous les bouvillons (n  =  8), d’où leur désignation de miARN principaux du tissu adipeux sous-cutané bovin. Ces miARN principaux variaient en termes de localisation génomique (59,5 % intergéniques, 38,7 % introniques, 1,2 % exoniques, et un [0,6 %] mirtron), d’organisation (55,5 % non groupés et 44,5 % groupés), et de conservation (49 % hautement conservés, 14 % conservés et 37 % faiblement conservés). Les miARN groupés et les miARN hautement conservés étaient plus fortement exprimés (p  <  0,05) et avaient davantage de cibles prédites que les miARN non groupés ou moins conservés (p  <  0,001). Un total de 34 miARN étaient exprimés de façon coordonnée, constituant six réseaux pertinents repérés. Deux miARN introniques (miR‑33a et miR‑1281) ont présenté une expression coordonnée avec leurs gènes hôtes, respectivement le facteur de transcription SREBF2 et EP300 (coactivateur transcriptionnel du facteur de transcription C/EBPα), gènes qui sont impliqués dans le métabolisme lipidique, ce qui laisse croire que ces miARN pourraient aussi jouer un rôle dans la régulation du métabolisme lipidique ou de l’adipogenèse chez les bovins. De plus, un total de 17 miARN avaient des cibles prédites impliquées dans la régulation du bilan énergétique dans le tissu adipeux. Conclusions : Ces résultats accroissent notre connaissance du comportement des miARN dans la régulation de l’adipogenèse et du métabolisme lipidique chez les bovins en montrant que les profils d’expression et les fonctions des miARN sont associés à la localisation, à l’organisation et à la conservation de ceux-ci dans le génome.

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