Methodological comparisons for antimicrobial resistance surveillance in feedlot cattle.

Benedict, K., Gow, S.P., Checkley, S.L., Booker, C.W., McAllister, T.A., et Morley, P.S. (2013). « Methodological comparisons for antimicrobial resistance surveillance in feedlot cattle. », BMC Veterinary Research, 9, p. 216. doi : 10.1186/1746-6148-9-216  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Contexte Cette étude se voulait une comparaison objective des approches méthodologiques qui pourraient être utilisées dans l’élaboration d’un programme de surveillance de la résistance aux antimicrobiens chez les bovins d’engraissement. Nous avons donc procédé à quatre comparaisons pour examiner l’impact potentiel des approches employées sur l’estimation de la fréquence de la résistance aux antimicrobiens. Pour ce faire, nous avons examiné les différences potentielles entre deux méthodes de vérification de la sensibilité (microdilution en bouillon et diffusion en milieu gélosé [disques]), entre deux bactéries cibles (E. coli de pathotype non spécifique [NTSEC] et Mannheimia haemolytica), entre deux stratégies d’échantillonnage de matières fécales (échantillons individuels prélevés du rectum et échantillons groupés provenant du sol de l’enclos), de même qu’entre deux stratégies de détermination des bovins à échantillonner (bovins dont la culture de matières fécales est positive à Mannheimia haemolytica et bovins dont la culture est négative). Résultats La comparaison des deux méthodes (diffusion en milieu gélosé [BioMIC®] et microdilution en bouillon [Sensititre®]) de vérification de la sensibilité a révélé des différences dans la probabilité de détecter la résistance chez E. coli et M. haemolytica. Nous avons également observé des différences quand nous avons comparé la résistance de deux bactéries provenant du même bovin : la probabilité de détecter une résistance chez E. coli était plus élevée que chez M. haemolytica. Nous n’avons pas vu de différence dans la fréquence de la résistance selon la stratégie d’échantillonnage (échantillons individuels ou groupés). Aucune différence n’a été relevée dans la fréquence de la résistance des E. coli provenant de bovins pour lesquels la culture de M. haemolytica était positive par rapport à la fréquence de la résistance des E. coli provenant de bovins pour lesquels la culture de M. haemolytica était négative. Il semble donc que les stratégies d’échantillonnage ciblant l’isolement d’E. coli de bovins infectés par M. haemolytica ne biaisent pas les résultats. Conclusions En général, il faut choisir judicieusement les tests de sensibilité à utiliser pour la surveillance de la résistance aux antimicrobiens en tenant compte des objectifs de la surveillance, puisque la capacité de détecter la résistance semble varier entre les tests selon la population chez laquelle on fait les tests. Ainsi, on recommande la surveillance continue de la résistance aux antimicrobiens chez les M. haemolytica isolés par écouvillonnage du nasopharynx, si le programme de surveillance vise un pathogène animal donné, puisque les résultats de la surveillance fondée sur les E. coli des matières fécales ne peuvent être extrapolés à cet important pathogène respiratoire. Si l’on voulait surveiller E. coli dans la même population, les populations étudiées pourraient cibler les animaux infectés par M. haemolytica sans que les estimations de la résistance aux antimicrobiens chez E. coli ne soient biaisées. Les échantillons groupés de matières fécales au sol ou les échantillons individuels prélevés dans le rectum pourraient être utilisés de manière interchangeable pour surveiller la résistance chez E. coli.

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