Molecular characterization of a Chinese isolate of Potato virus A (PVA) and the revelation of a genome recombination event among PVA isolates on the 3’-proximal end of the genome.

He, C.Z., Zhang, W., Hu, X., Singh, M., Xiong, X., et Nie, X. (2014). « Molecular characterization of a Chinese isolate of Potato virus A (PVA) and the revelation of a genome recombination event among PVA isolates on the 3’-proximal end of the genome. », Archives of Virology, 159(9), p. 2457-2462. doi : 10.1007/s00705-014-2053-z  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Nous avons prélevé des plantes de pomme de terre qui présentaient des symptômes de la mosaïque à Xiangxi, dans la province du Hunan, en Chine. Le dépistage par RT-PCR multiplexe des maladies virales courantes a révélé la présence du virus A de la pomme de terre (PVA) dans ces plantes. L’épreuve ELISA faite avec des anticorps spécifiques du virus a confirmé l’infection par le PVA. Des virions en forme de bâtonnet de ~750 nm de longueur sur ~13 nm de largeur ont été observés au microscope électronique à transmission. Un isolat de virus, désigné PVA-Hunan, a fait l’objet d’une caractérisation moléculaire : le génome comptait 9 567 nucléotides, sans la queue poly‑A, et codait une polyprotéine de 3 059 acides aminés. Un deuxième cadre de lecture ouvert (ORF) caractéristique des Potyviridae (pipo) se trouvait entre les nucléotides (nt) 2 834 et 3 139. L’identité de séquence entre l’isolat caractérisé et d’autres isolats du PVA était de 84 % à 98 % en ce qui a trait à la séquence des nucléotides et de 93 % à 99 % en ce qui a trait à la séquence des acides aminés. L’analyse phylogénétique a révélé que dans le groupe des PVA, c’est avec l’isolat finnois Her que le PVA-Hunan se groupait le plus étroitement, puis avec les isolats 143, U, Ali, M et B11. L’isolat TamMV était seul, dans une branche distincte. Toutefois, l’analyse du génome complet avec le logiciel SimPlot a révélé une identité de séquence de 99 % entre l’extrémité 3’‑proximale des isolats PVA-Hunan et TamMV (~nt 9 160 jusqu’à l’extrémité 3’) et une identité de 50 % à 94 % (~83 % en moyenne) en amont du nt 9 160. En revanche, entre les nt 1 et ~9 160 des isolats PVA-Hunan, M et B11, l’identité de séquence était de 98 %, mais celle-ci diminuait à seulement ~94 % dans la région 3′‑proximale, laissant supposer qu’il y a eu recombinaison au nt 9 133; le programme Recombination Detection nous a également permis de localiser le point de rupture. L’analyse du gène de la capside (CP) a par ailleurs permis de confirmer l’endroit où la recombinaison s’était faite.

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