Structured diversity using EST-PCR and EST-SSR markers in a set of wild blueberry clones and cultivars.

Debnath, S.C. (2014). « Structured diversity using EST-PCR and EST-SSR markers in a set of wild blueberry clones and cultivars. », Biochemical Systematics and Ecology, 54, p. 337-347. doi : 10.1016/j.bse.2014.03.018  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Le bleuetier est un arbuste vivace allogame qui peut être multiplié par voie végétative et dont les fruits peuvent avoir d’importants effets bénéfiques pour la santé. Dans le cas du bleuetier tétraploïde (Vaccinium spp.), les analyses génétiques ont généralement été axées sur la diversité, alors que la structure génétique a fait l’objet de peu d’études. Dans la présente étude, nous avons examiné la structure et la diversité génétiques de 28 clones sauvages, 6 cultivars et 2 sélections de bleuetier nain, de bleuetier semi-géant et de bleuetier en corymbe. Pour caractériser et distinguer les génotypes, nous avons utilisé des statistiques sommaires, une estimation de la structure, un regroupement par voisinage, une analyse en coordonnées principales ainsi qu’une analyse de variance moléculaire, en nous fondant sur 10 paires d’amorces EST-PCR et 2 paires d’amorces EST-SSR. Au total, 213 marqueurs ont été détectés. Les valeurs élevées de l’hétérozygotie prévue, de l’indice de Shannon et du PIC (polymorphism information content) ainsi que l’analyse de variance moléculaire montraient clairement que la diversité génétique était élevée. L’analyse de la structure a montré que les bleuetiers nains se divisaient en trois groupes distincts et que les bleuetiers semi-géants et les bleuetiers en corymbe formaient un autre groupe, ce qui concordait avec les résultats du regroupement par voisinage et de l’analyse en coordonnées principales. Les 12 paires d’amorces EST ont permis de différencier les bleuetiers sauvages des bleuetiers cultivés. Cette technologie pourra donc se révéler utile pour la cartographie du génome et la conservation à long terme des ressources génétiques du bleuetier et ainsi servir à la conservation du matériel génétique et aux travaux d’amélioration.

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