Safely Coupling Livestock and Crop Production Systems: How Rapidly Do Antibiotic Resistance Genes Dissipate in Soil Following a Commercial Application of Swine or Dairy Manure?

Marti, R., Tien, Y.C., Murray, R.L., Scott, A., Sabourin, L., et Topp, E. (2014). « Safely Coupling Livestock and Crop Production Systems: How Rapidly Do Antibiotic Resistance Genes Dissipate in Soil Following a Commercial Application of Swine or Dairy Manure? », Applied and Environmental Microbiology, 80(10), p. 3258-3265. doi : 10.1128/AEM.00231-14  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Les fumiers utilisés comme engrais dans les productions culturales renferment des bactéries résistantes aux antibiotiques. Dans cette étude, nous avons évalué le devenir dans le sol de certains gènes associés à la résistance aux antibiotiques ou à la mobilité génétique dans des parcelles gérées selon des pratiques normales pour la culture de légumes. Comparativement aux sols sans fumier, la fertilisation avec du fumier de porcins ou de bovins a augmenté l’abondance relative des cibles géniques sul1, erm(B), str(B), int1 et IncW repA. Après l’application de fumier au printemps 2012, le nombre de copies des gènes a diminué de façon exponentielle, pour atteindre, à l’automne 2012, les niveaux de base. En revanche, après l’application de fumier à l’automne 2012 ou au printemps 2013, le nombre de copies des gènes a augmenté de manière significative au cours des semaines suivant l’épandage, puis a diminué. Dans ces deux derniers cas, à l’automne 2013, l’abondance relative du nombre de copies géniques n’avait pas encore atteint les niveaux de base. Dans l’ensemble, ces résultats montrent que dans des conditions d’agriculture caractéristiques d’un climat continental humide, après l’application commerciale de fumier brut, il suffit d’un an pour que la charge additionnelle en gènes de résistance aux antimicrobiens dans le sol se rapproche des valeurs de base. L’abondance relative de plusieurs cibles géniques a dépassé les valeurs de base durant la saison de croissance après une application printanière ou un épandage fait à l’automne précédent. Les résultats de cette étude viennent corroborer la pertinence de traiter le fumier avant de l’utiliser dans les systèmes de production végétale.

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