Impact of reference population on accuracy of imputation from 6K to 50K single nucleotide polymorphism chips in purebred and crossbreed beef cattle.

Ventura, R., Lu, D., Schenkel, F.S., Wang, Z., Li, C., et Miller, S.P. (2014). « Impact of reference population on accuracy of imputation from 6K to 50K single nucleotide polymorphism chips in purebred and crossbreed beef cattle. », Journal of Animal Science, 92(4), p. 1433-1444. doi : 10.2527/jas.2013-6638  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Le génotypage avec des panels moins chers à faible densité permet de génotyper un plus grand nombre d’animaux pour la sélection génomique. En utilisant les données d’une population de référence génotypée avec des panels à densité plus élevée, l’imputation permet de déterminer le génotype des SNP non définis chez les animaux génotypés avec des panels à faible densité, ce qui devrait améliorer l’exactitude de la valeur d’élevage génomique estimée. Dans cette étude, nous avons utilisé le déséquilibre de liaison de marqueurs et les logiciels BEAGLE, FIMPUTE 2.2 et IMPUTE2 pour réaliser l’imputation d’une population multirace croisée de bovins taurins génotypés avec la puce Illumina SNP50. Nous avons fait différentes combinaisons de populations de référence et d’animaux imputés d’après la composition raciale. Nous avons examiné le nombre d’animaux (n = 250 à 4 932) et la présence de plus proches parents dans la population de référence (seulement pour les bovins Angus). L’exactitude moyenne de l’imputation globale des animaux de race pure variait de 94,20 à 97,93 % avec le logiciel FIMPUTE, de 95,35 à 98,31 % avec l’IMPUTE2, et de 90,02 à 96,38 % avec le BEAGLE. Chez les animaux de race croisée, l’exactitude de l’imputation variait de 54,15 à 97,53 % avec le logiciel FIMPUTE, de 57,04 à 97,46 % avec l’IMPUTE2, et de 54,35 à 95,64 % avec le BEAGLE. L’exactitude de l’imputation était meilleure lorsque les plus proches parents (composition raciale) étaient bien représentés dans la population de référence. L’ajout d’une population additionnelle d’animaux de race pure n’a pas amélioré l’imputation intraraciale de 6K à 50K. Le logiciel FIMPUTE s’est avéré plus rapide que le BEAGLE (de 13 à 52 fois) et plus rapide qu’IMPUTE2 (de 51 à 108 fois).

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