Peptide pre-fractionation is essential for proteomic approaches employing quantitative stable isotope dimethyl labeling and multiple reaction monitoring of fruit proteomic research.

Yang, X.-T., Li, L., Song, J., Campbell-Palmer, L., Pinto, D., Chisholm, K., Li, X.H., et Zhang, Z. (2013). « Peptide pre-fractionation is essential for proteomic approaches employing quantitative stable isotope dimethyl labeling and multiple reaction monitoring of fruit proteomic research. », Journal of Separation Science, 37(1-2), p. 77-84. doi : 10.1002/jssc.201301041  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

L’iso-électrofocalisation (IEF) sur appareil Off-gelMC, qui permet le fractionnement des peptides et des protéines, est devenue un outil de recherche populaire dans le domaine de la protéomique. Nous avons utilisé l’électrophorèse Off-gelMC (OGE) pour réaliser une analyse approfondie de la protéomique de certains fruits, soit la pomme, la banane et la fraise, en vue d’améliorer la couverture protéomique et les processus de protéomique quantitative, y compris le suivi de réactions multiples (MRM). Nous fournissons des renseignements techniques sur l’utilisation de l’IEF Off-gelMC, de la technique de détection nano-CL–SM et du MRM ainsi que sur leur optimisation et l’analyse des résultats. Nos résultats montrent que l’OGE est une méthode efficace pour le fractionnement des peptides et permet d’identifier au moins dix fois plus de protéines et de détecter et prélever plus de peptides totaux que les autres techniques. En outre, nous avons mis au point un protocole qui combine l’OGE et le MRM et vise à identifier et analyser de manière quantitative la monodéshydroascorbate réductase, enzyme essentiel du mécanisme d’oxydoréduction et du système antioxydatif des pommes durant le mûrissement. Nous avons utilisé ce protocole pour étudier les changements quantitatifs subis par cette protéine durant le mûrissement et en réaction à un traitement à l’éthylène. Nos résultats montrent de façon directe et détaillée les avantages de l’OGE et de son utilisation dans le cadre des analyses protéomiques aléatoires et quantitatives.

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