Fluorescence in situ hybridization probing of protozoal Entodinium spp. and their methanogenic colonizers in the rumen of cattle fed alfalfa hay or triticale straw.

Xia, Y., Kong, Y., Seviour, R., Förster, R.J., Kisidayova, S., et McAllister, T.A. (2014). « Fluorescence in situ hybridization probing of protozoal Entodinium spp. and their methanogenic colonizers in the rumen of cattle fed alfalfa hay or triticale straw. », Journal of Applied Microbiology, 116(1), p. 14-22. doi : 10.1111/jam.12356  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Objectifs Élaborer et mettre à l’essai une méthode d’hybridation in situ en fluorescence (FISH) ainsi que mettre en évidence et quantifier simultanément les populations méthanogènes qui colonisent Entodinium spp. dans le rumen des vaches recevant des divers fourrages. Méthode et résultats Nous avons conçu de nouvelles sondes FISH ciblant les protozoaires Entodinium spp., que nous avons utilisées simultanément avec des sondes FISH visant les méthanogènes dans le rumen des vaches. La composition et l’abondance relative des populations méthanogènes colonisant les populations d’Entodinium simplex, d’E. caudaum et d’E. furca étaient comparables. D’une façon générale, les méthanogènes, dont Methanobrevibacter thaueri, Methanobrevibacter millerae et Methanobrevibacter smithii, ainsi que les espèces du genre Methanomicrobium et du genre Methanosphaera étaient les colonisateurs prédominants des protozoaires, sans égard au fourrage donné aux bovins. Les populations ruminales méthanogènes colonisant chacune des diverses espèces d’Entodinium ont semblé différer d’un animal à l’autre. Conclusion Nous avons constaté que la détection simultanée au moyen de sondes FISH était une méthode fiable et efficace pour étudier la dynamique des relations symbiotiques entre les protozoaires et les méthanogènes du rumen à l’échelle monocellulaire. Les espèces d’Entodinium étroitement apparentées sur le plan phylogénétique étaient colonisées par des populations méthanogènes similaires, sans égard au fourrage donné aux animaux. Importance et répercussions de l’étude Cette étude est la première sur les populations d’archées méthanogènes qui colonisent plus particulièrement Entodinium spp. et qui ont été mises en évidence au moyen d’une méthode FISH permettant la détection simultanée.

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