Phenotypic stability and genome wide association study of late blight resistance in potato genotypes adapted to the tropical highlands.

Lindqvist-Kreuze, H., Gastelo, M., Pérez, W., Forbes, G., De Koeyer, D.L., et Bonierbale, M. (2014). « Phenotypic stability and genome wide association study of late blight resistance in potato genotypes adapted to the tropical highlands. », Phytopathology, 104(6), p. 624-633. doi : 10.1094/PHYTO-10-13-0270-R  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Nous avons analysé le génotype des pommes de terre d’une population reproductrice adaptée aux hautes terres des régions tropicales quant à la stabilité de leur résistance au mildiou et avons étudié le lien entre marqueur et phénotype. Nous avons harmonisé des données d’évaluation historiques qui consistaient en des observations recueillies durant six années dans deux localités; nous avons comparé les surfaces sous la courbe de progression de la maladie obtenues pour 172 génotypes avec celle de la variété témoin sensible Yungay, pour construire une échelle de résistance. Au total, 70 génotypes de pomme de terre ont présenté un coefficient de variabilité inférieur à 0,5 et ont été considérés comme stables dans les différents milieux d’essai. L’analyse en composantes principales a montré que l’ensemble utilisé pour les expériences se divisait en deux groupes distincts qui reflétaient la stabilité de la résistance des génotypes au mildiou. Les isolats de Phytophthora infestans utilisés dans les champs expérimentaux appartenaient à la lignée clonale EC-1, et la variation de la virulence observée ne pouvait être expliquée par le concept d’ensemble de gènes d’avirulence (R1-R11) généralement utilisé. Nous avons observé qu’un marqueur SNP du chromosome 9 était associé à la résistance au mildiou ainsi qu’à une instabilité de la résistance. Les génotypes où ce marqueur présentait la combinaison AACC ou AAAC étaient très résistants dans certains milieux, alors que les génotypes dont la combinaison était AAAA présentaient une résistance modérée mais stable d’un milieu à l’autre.

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