Integrated physical, genetic and genome map of chickpea (Cicer arietinum L.).

Varshney, R.K., Mir, R.R., Bhatia, S., Thudi, M., Hu, Y., Azam, S., Zhang, Y., Jaganathan, D., You, F.M., Gao, J.L., Riera-Lizarazu, O., et Luo, M.-C. (2014). « Integrated physical, genetic and genome map of chickpea (Cicer arietinum L.). », Functional and Integrative Genomics, 14(1), p. 59-73. doi : 10.1007/s10142-014-0363-6  Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Résumé

Nous avons mis au point une carte physique du génotype de référence du pois chiche (ICC 4958) avec des banques de chromosomes bactériens artificiels (BAC, pour bacterial artificial chromosome) ciblant 71 094 clones (redondance d’environ 12X). L’application de la méthode des empreintes à haute teneur informative (HIFC, pour high information content fingerprinting) a permis d’obtenir des données de grande qualité pour 67 483 clones et de définir 1 174 contigs comprenant 46 112 clones ainsi que 3 256 singletons. En résumé, un génome de 574 Mb a été assemblé en 1 174 contigs, ayant en moyenne 0,49 Mb, et 3 256 singletons représentant 407 Mb du génome. La carte physique a été associée à deux cartes génétiques à l’aide de 245 marqueurs de séquences terminales de clones BAC issus de microsatellites (répétitions de séquences simples, SSR). Cette combinaison de données a permis de localiser certains des BAC à proximité d’importants locus à caractère quantitatif (QTL) concernant la tolérance à la sécheresse et la résistance à la fusariose vasculaire ainsi qu’à l’ascochytose. Nous avons aussi intégré l’assemblage des contigs à la première version de la séquence génomique du pois chiche. Par conséquent, nous avons pu cartographier ~965 BAC, dont 163 clones de chemin de recouvrement minimal (minimum tilling path) sur huit pseudo-molécules de pois chiche formant 491 contigs hypothétiques représentant 54 013 992 pb (~54 Mb) de la première version du génome. L’analyse détaillée des marqueurs de QTL de la tolérance à des stress abiotiques et biotiques a permis d’identifier 654, 306 et 23 gènes de tolérance à la sécheresse dans les régions respectives suivantes : « QTL-hotspot », QTL de la résistance à l’ascochytose et QTL de la résistance à la fusariose vasculaire. L’intégration des cartes physique, génétique et génomique pourra servir de base au clonage et à l’isolement de QTL/gènes pour la dissection et l’amélioration moléculaires des caractères du pois chiche.

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